Hai trăm năm sau Hắc Ma phá được phong ấn nhưng vừa ra đã bị Thiên La Địa Võng của Ngọc Hoàng bắt. Nam Tào Tinh Quân không nỡ nhìn đồ đệ chết đành ra tay cứu thoát rồi lấy hồn Hắc Ma đưa vào một thi thể nam nhân trần gian có hình dạng giống đồ đệ. Tinh Quân lên thiên đình bảo rằng Hắc Ma chết rồi, nếu sống thì là Hắc Bạch đạo sĩ dưới trần. Bắc Đẩu Tinh Quân cũng ra sức khuyên giải nên Ngọc Hoàng đành bỏ qua. Hắc Bạch đạo sĩ dưới trần gian làm nhiều việc tốt cho nhân dân nhưng oái oăm thay kẻ thù của ngài chính là vị đại ca ngày xưa Quỷ Môn Hoành và cừu nhân Độc Giác Huyết Xà. Sau khi hoá giải oán thù với đại ca và tiêu diệt tận gốc tên yêu quái gian ác, ngài cũng lấy vợ sinh con như người thường rồi lập ra môn hộ dưới chân núi Hoàng Liên, giáp với con sông Nhị Hà rộng lớn. Chính vì vậy nên đặt luôn là Hoàng Liên Môn. Phép thuật của Hoàng Liên Môn do Hắc Bạch đạo sĩ truyền dạy vô cùng linh diệu nên sớm có danh tiếng trên tam giới. Pháp thuật của đạo sĩ chính là linh lực, linh lực được thể hiện chủ yếu qua bùa chú, vũ khí hay chưởng pháp, kiếm phát, trận đồ. Có thể dùng linh lực để tạo ra Kim, Mộc, Thuỷ, Hoả, Thổ trong Ngũ Hành và các nguồn năng lượng khác như Lôi, Phong, Thanh. Hoàng Liên Môn nổi tiếng nhất với bộ Ngũ Hành Bùa Thuật tuyệt mật chỉ môn hộ trong môn biết, người ngoài xem cũng khó lòng hiểu được. Bộ sách gồm năm loại theo Ngũ hành, mỗi loại ba quyển: Sơ Đẳng Bùa, Trung Đẳng Bùa và Thượng Thừa Bùa. Về chưởng pháp và trận đồ thì theo nguồn năng lượng mà người đó tu luyện, Hắc Bạch Kiếm Pháp là kiếm pháp độc môn. Về vũ khí thông thường có bốn loại là bùa, kiếm, kỳ, phù. Các bảo khí trấn môn thì được những đạo trưởng pháp thuật cao cường nắm giữ hay cả môn phái canh giữ: Hắc Bạch Vô Cực Kiếm của sư tổ là đệ nhất bảo vật trấn môn được để ở hồ sen trong bản môn, thần khí ngự nơi đó thực ra là để bảo vệ cho các môn hộ; Nguyệt Long Thần Phù đã được Trưởng môn đời thứ hai cất giấu, có được nó thì tăng sức mạnh cực nhanh nhưng hình như nó là vật ma tà; Gương Đồng Bát Quái được Trưởng môn nhân đời thứ hai mươi hiện nay Kim Lôi đạo trưởng nắm giữ, có tác dụng phá hiện yêu quái và tăng sức mạnh của trận đồ; Roi Đằng Ngà là vũ khí của Mộc Trân đạo cô, tương truyền roi làm từ luỹ tre Phù Đổng Thiên Vương (hay Thánh Gióng, Sùng Thiên Thần Vương) nhổ để đánh giặc nên vừa dẻo bền như tre vừa cứng chắc hơn sắt thép, cắm chuôi roi xuống đất là tre ngà mọc lên bao vây kẻ thù; đạo trưởng Thuỷ Chân nắm giữ Khởi Thuỷ Ấm, nước trong ấm là vô hạn, đạo trưởng thường cho thêm chè Thái Nguyên và Nam dược vào ấm vừa để mình thưởng thức vừa dùng để chữa bệnh; Trống Lạc Việt và Chày Văn Lang là bảo vật hộ thân và vũ khí của Hoả Thanh đạo trưởng, chày đánh ra lửa, dùng chày đánh trống tạo ra âm thanh hùng hồn; Thổ Thông đạo trưởng sử dụng Bảo Niêu Thần Khí, thần khí là bảo vật năm xưa của Thạch Sanh. Như những môn phái khác, Hoàng Liên Môn cũng phân ra cấp bậc trên dưới. Người đứng đầu tức trưởng môn hiện nay là Kim Lôi đạo trưởng. Thường thì ngài quyết định mọi việc trong môn nhưng những sự việc vô cùng quan trọng phải hỏi ý kiến các Đại lão đạo trưởng. Dưới trưởng môn là đạo trưởng, đạo sĩ và môn đồ. Môn đồ Hoàng Liên Môn chia thành năm đường theo Ngũ Hành là: Kim, Mộc, Thuỷ, Hoả, Thổ. Các tiểu tử hay a đầu khoảng mười một, mười hai tuổi mới nhập môn gọi là Đạo Đồng. Đây là bộ phận môn đồ non trẻ nhất, linh khí thấp kém nhất nên chỉ học Sơ Đẳng Bùa và phần đầu Hắc Bạch Kiếm Pháp. Bộ phận thứ hai là các môn đồ từ mười năm đến mười bảy tuổi khá hơn về thể chất lẫn linh khí nội thân gọi là Đạo Thiếu, được học Trung Đẳng Bùa và phần sau của Hắc Bạch Kiếm Pháp. Đạo Thanh là những môn đồ từ mười tám tuổi trở lên đã thông thạo Sơ Đẳng Bùa, Trung Đẳng Bùa và Hắc Bạch Kiếm Pháp sẽ được dạy sử dụng Thượng Thừa Bùa. Sau khi đã học hết bộ Ngũ Hành Bùa Thuật thì môn đồ có thể xuất môn hoặc tiếp tục tu luyện lên chức Đạo Sĩ. Hoàng Liên Môn cũng có nhiều luật lệ và quy định thường thấy nhưng tiêu biểu là hai điều: Nhật Tam Tiếu, nghĩa là một ngày phải cười ba lần, Hắc Bạch Sư Tổ đặt ra điều này để hướng môn đồ tới sự vui vẻ, lạc quan; Hoàng Liên Môn không cấm đoán việc yêu đương của môn đồ kể cả với yêu quái nhưng hễ kết nghĩa phu thê hay có con là phải xuất môn, điều luật này gọi là Phu Thê Xuất Môn, nó không áp dụng với trưởng môn.