Đã có ở Tây Ban Nha 100.000 quân nhưng Na-pô-lê-ông còn ra lệnh khẩn cấp đưa thêm sang 150.000 quân nữa. Cuộc nổi dậy của nông dân ngày càng chiếm được lợi thế. Những danh từ Tây Ban Nha "du kích", "cuộc chiến tranh nhỏ" không diễn đạt được hết ý nghĩa của sự việc đã diễn biến. Cuộc chiến tranh chống lại nông dân và thợ thủ công, chống lại những người chăn cừu và chăn lừa ngựa này, đã làm cho ông hoàng đế Pháp phải lo âu nặng nề hơn các chiến dịch khác. Sau cuộc hàng phục nhục nhã của nước Phổ, cuộc kháng chiến ác liệt của Tây Ban Nha tỏ ra đặc biệt kỳ lạ và bất ngờ, nhưng tuy vậy Na-pô-lê-ông vẫn không phỏng đoán được đám cháy ấy ở Tây Ban Nha. Đối với tướng Bô-na-pác thì chuyện ấy còn có thể làm cho ông ta tỉnh ngộ ra được, nhưng đối với ông hoàng đế Na-pô-lê-ông, kẻ chinh phục cả châu Âu, thì "cuộc nổi loạn của bọn khố rách áo ôm" đó chẳng thể gây được chút ảnh hưởng gì.
Không tin chắc vào sự giúp đỡ của A-lếch-xan và hầu như tin rằng nước áo sẽ chống lại mình, nên cuối cùng mùa thu năm 1808, Na-pô-lê-ông hối hả sang Tây Ban Nha với lòng căm giận sôi sục nghĩa quân Tây Ban Nha, những người "quê kệch" nhớp nhúa, dốt nát và phiến loạn. Trong lúc ấy, quân Anh cũng vừa hoàn thành cuộc đổ bộ và quét sạch quân Pháp khỏi Li-xbon. Bồ Đào Nha không còn là căn cứ của Pháp nữa mà là của Anh. Quân Pháp chỉ còn giữ được từ phía bắc Tây Ban Nha đến sông E-bơ-ro, còn các nơi khác thì hầu như không còn quân Pháp. Tây Ban Nha đã có một quân đội trang bị bằng súng của Anh. Na-pô-lê-ông tiến công đội quân đó. ở Bu-gô, ngày 10 tháng 11 năm 1808, Na-pô-lê-ông đã giáng cho quân Tây Ban Nha một trận thua khủng khiếp; sau hai trận nữa đánh vào các ngày tiếp theo, quân đội Tây Ban Nha dường như bị tiêu diệt hoàn toàn. Ma-đrít có một lực lượng hùng hậu phòng giữ bị Na-pô-lê-ông tiến công ngày 30 tháng 11. Cũng nên nói thêm rằng, để chinh phục Tây Ban Nha, trong số quân mà Na-pô-lê-ông đưa sang có "đội quân Ba Lan" do Na-pô-lê-ông thành lập năm 1807, sau khi đã chiếm được Ba Lan. Theo lệnh Na-pô-lê-ông, quân Ba Lan điên cuồng chém giết người Tây Ban Nha, họ chẳng nghĩ ngợi gì về cái việc hổ nhục mà họ đương làm, nghĩa là phá hoại phong trào giải phóng dân tộc của nhân dân Tây Ban Nha. Na-pô-lê-ông nói với họ rằng còn cần phải tỏ ra xứng đáng hơn để gợi cho Na-pô-lê-ông cái ý muốn phục hồi nước Ba Lan, và quân Ba Lan đã cố gắng xứng đáng với tổ quốc của họ bằng cách cướp lấy tổ quốc của người Tây Ban Nha. Ngày 4 tháng 12 năm 1808, Na-pô-lê-ông vào Ma-đrít. Kinh thành đón tiếp kẻ xâm lược bằng một sự im lặng như chết. Na-pô-lê-ô lập tức tuyên bố thiết quân luật ở Ma-đrít và trong khắp cả nước, thiết lập các tòa án quân sự. Sau đó, ông ta tiến công quân Anh. Tướng Mo-rơ bị bại và bị giết, còn quân Pháp thì truy kích tàn quân Anh.
Sự nghiệp của Tây Ban Nha xem chừng lại một lần nữa đổ vỡ . Nhưng hoàn cảnh của nhân dân khởi nghĩa càng nghiêm trọng thì cuộc kháng chiến của họ càng trở nên ác liệt.
Thành phố Xa-ra-gốt bị quân Pháp bao vây, đã cố thủ trong nhiều tháng trời. Cuối cùng, sau khi phá được ngoại vi, ngày 27 tháng giêng năm 1809, thống chế Lan-nơ đã vào được trong thành phố. ở đó, hồi ấy đã diễn ra những chuyện chưa bao giờ thấy trong bất cứ một cuộc vây hãm nào: mỗi một căn nhà biến thành một pháo đài: phải gay go lắm mới chiếm được một ngôi nhà chứa xe, một chuồng ngựa, một kho chứa rượu, một kho thóc. Cuộc tàn sát khốc liệt đó đã kéo dài hàng ba tuần lễ liền trong cái thành phố đã bị chiếm nhưng luôn luôn kháng cự. Binh lính của Lan-nơ đã chém giết tất cả, không phân biệt ai, cả đàn bà và trẻ con, nhưng đàn bà và trẻ con cũng giết lại binh lính Pháp mỗi khi thấy chúng sơ hở. Quân Pháp đã tàn sát 20.000 quân đồn trú trong thành phố và hơn 32.000 dân. Thống chế Lan-nơ, người kỵ binh liều mạng, không biết sợ là gì, kẻ đã tham dự nhiều trận kinh khủng nhất của Na-pô-lê-ông và cũng là kẻ chẳng biết thế nào là "xúc động" đã phải lấy làm kinh ngạc khi trông thấy xác chết của đàn ông, đàn bà, trẻ con ngổn ngang trong nhà, ngoài phố, ngập trong biển máu. "Cuộc chiến tranh gì vậy! Ta buộc phải giết những con người thuần phác như thế, phải giết cả những người điên! Cuộc chiến trận này sẽ chỉ mang lại sự buồn bã!". Đó là lời của thống chế Lan-nơ nói với tùy tùng, khi đi qua những đường phố ngập máu của cái thành phố chết đó.
Cuộc bao vây và hạ thành Xa-ra-gốt đã gây được một ảnh hưởng rộng lớn ở châu Âu và đặc biệt ở nước áo, nước Phổ và các quốc gia Đức. Sự cảm phục, sự bối rối thẹn thùng, sự hổ nhục đã khuấy động được các tâm hồn trong khi họ so sánh hành động kháng cự của người Tây Ban Nha với sự hàng phục ngoan ngoãn của người Đức.
Tuy vậy, những cuộc cướp bóc và xâm lược của nền quân chủ Na-pô-lê-ông chẳng bao lâu đã làm cho giai cấp tư sản ở các nước bị khuất phục phản ứng. Sau khi được Na-pô-lê-ông đánh thức dậy, sau khi thoát khỏi các trở lực của chế độ phong kiến và đi vào con đường tự do phát triển tư bản chủ nghĩa, giai cấp tư sản bị khuất phục ở châu Âu, đến lượt mình, đã buộc phải đi tìm những con đường mới để thoát khỏi gọng kìm kinh tế của chính sách Na-pô-lê-ông. Những con đường ấy ngày càng mở rõ ra cùng với sự phát triển của phong trào giải phóng dân tộc chống Na-pô-lê-ông. Người ta đã nhìn thấy lò lửa đó lẻ tẻ bốc cháy vào những năm 1803, 1809 và 1810, nhưng đến năm 1813 thì một đám cháy dữ dội bắt đầu bùng lên ở khắp các nước đang nằm dưới ách thống trị của Na-pô-lê-ông.
Năm 1806 và ngay cả trước khi người Phổ bị thua trận, Na-pô-lê -ông đã vạch ra cần phải làm như thế nào để trả lời bất kỳ một mưu mô to nhỏ nào định làm sống lại tinh thần quật khởi dân tộc trong nhân dân Đức. Sau Tin-dít, Na-pô-lê-ông cho rằng đã có thể hành động hoàn toàn theo ý của mình không những ở Ba-vi-e
hoặc ở các quốc gia thuộc Liên bang sông Ranh, mà còn cả ở Hăm-bua, Đan-xích, Cơ-ni-xbéc, Bre-xlau và nói chung ở khắp nước Đức.
Na-pô-lê-ông không biết rằng ở Béc-lin, Phích-te đã lồng vào trong các bài giảng nhiều câu ái quốc bóng bẩy, không biết rằng trong các trường đại học Đức, các hội sinh viên được thành lập, tuy rằng ở đó người ta chưa dám công khai nói đến cuộc nổi dậy chống lại tên bạo chúa của hoàn cầu, nhưng đã bí mật gây được một mối căm thù sâu sắc chống lại y. Na-pô-lê-ông đã không tính đến sự thật là nếu như giai cấp tư sản Đức ở các nước chư hầu hài lòng về việc du nhập bộ luật Na-pô-lê-ông vào Đức, về việc phá bỏ chế độ phong kiến, thì họ cũng thấy rằng họ đã phải trả những cái ơn ấy bằng những cái giá quá đắt so với việc họ phải chịu đựng ách chính trị và tài chính của nước Pháp, dính liền với khoản "thuế máu" dưới hình thức những cuộc trưng binh để bổ sung cho đội ngũ đại quân. Đó là những điều mà Na-pô-lê-ông không biết và cũng không muốn biết. Theo lời một nhà quan sát thì ở éc-phua, các vua chúa Đức, các nhà quý tộc người Đức và vợ họ đã có thái độ như những đày tớ con đòi của một tên chúa đất nóng nảy nhưng cũng có thể nới tay nếu người ta biết hôn lên tay hắn đúng lúc. Nhà thi hào bậc nhất của nước Đức, Gớt, đã xin yết kiến và cuối cùng khi tiếp Gớt ở éc-phua, Na-pô-lê-ông quên cả mời nhà văn lão thành ngồi và tỏ ý tán thưởng tập thơ Véc-te thì Gớt đã rất đỗi vui mừng. Nói tóm lại, hồi ấy các tầng lớp trên người Đức, những tầng lớp duy nhất mà Na-pô-lê-ông có quan hệ gần gũi đã không có một chút phản đối nào. Nhân dân im lặng và phục tùng. Nhưng trái lại, những tin tức ở áo thì lại càng thêm khẩn cấp.
ở áo, người ta cho rằng lần này Na-pô-lê-ông chỉ có thể đánh được bằng một tay, vì tay kia còn phải chống đỡ cái gánh nặng khủng khiếp của cuộc chiến tranh ở Tây Ban Nha. ở áo, người ta biết rằng dù thế nào Na-pô-lê-ông cũng sẽ không bỏ Tây Ban Nha, biết rằng như vậy thì không phải chỉ là ý muốn riêng của một kẻ chuyên chế mà trong đó còn có vấn đề khác và biết rằng Na-pô-lê-ông đã bị sa lầy lâu ở đấy. Hơn nữa, người ta còn biết được nguyên nhân của sự việc đó. Vào lúc ấy, cuộc phong tỏa lục địa luôn luôn được tăng cường bằng những đạo luật bổ sung, bằng nhiều biện pháp cảnh sát và bằng nhiều hoạt động chính trị mới của hoàng đế Pháp. Từ bỏ bán đảo Tây Ban Nha khi quân Anh vừa mới đặt chân lên, chính là từ bỏ cuộc phong tỏa lục địa, nghĩa là từ bỏ nội dung căn bản của toàn bộ đường lối Na-pô-lê-ông.
Sự phản bội, hoặc ít ra là nghi ngờ phản bội của Tan-lây-răng vụ lợi và của tên mật thám Phu-sê, nghĩa là của hai kẻ ti tiện ấy, theo ý Na-pô-lê-ông, thật ra không làm cho Na-pô-lê-ông bận lòng bằng viễn cảnh của cuộc chiến tranh với nước áo. Nhưng cũng phải tính đến sự việc đó, và tháng giêng năm 1809, sau khi giao Tây Ban Nha cho các thống chế và đặt Tây Ban Nha dưới quyền anh mình là vua Giô-dép, Na-pô-lê-ông quay trở lại Pa-ri. Thật ra, không có Na-pô-lê-ông thì khả năng quân sự của các thống chế cũng giảm đi mất một nửa, nhưng còn Giô-dép thì dù có mặt Na-pô-lê-ông hay không, Giô-dép cũng vẫn chẳng có giá trị gì. Về đến Pa-ri, Na-pô-lê-ông ra lệnh cho triều thần và các bộ trưởng họp ở Tuy-lơ-ri và ngày 28 tháng giêng năm 1809, Na-pô-lê-ông liền gọi Tan-lây-răng đến để xỉ vả. Na-pô-lê-ông mở đầu màn kịch đó, đến nay còn nổi tiếng, bằng cách quát tháo với Tan-lây-răng: "Đồ ăn cắp! Anh là một thằng ăn cắp! Anh là thằng hèn hạ, không ai tin cậy được; anh không tin ở Chúa; suốt đời anh không làm tròn bổn phần; anh đã lừa dối phản bội mọi người; đối với anh không có cái gì thiêng liêng cả; có lẽ anh sẽ bán cả bố anh... Tại sao tôi lại không cho treo cổ anh ở quảng trường Ca-rút-xen? Nhưng mà còn thời gian chán! Này! Tan-lây-răng, thực chất anh là cục cứt...". Tất nhiên là Na-pô-lê-ông không biết hết tất cả sự phản bội của Tan-lây-răng (bị cách chức từ năm 1807), mà mới chỉ biết được phần nào nếu không thì Na-pô-lê-ông đã cho xử bắn Tan-lây-răng ngay lúc ấy. Nhưng Na-pô-lê-ông còn nhiều việc khác phải làm hơn là khám phá những âm mưu của cái người xấu xa đến tận xương tủy đó. Cuộc chiến tranh với nước áo đe doạ, ám ảnh Na-pô-lê-ông.
ở nước Tây Ban Nha vừa mới bị đè bẹp bởi những trận nặng nề ác liệt, ngọn lửa khởi nghĩa ở nông thôn và thành thị lại bùng cháy khắp nơi để không bao giờ tắt nữa. Cả một dân tộc - khi ẩn khi hiện, dai dẳng tưởng như ở trong lòng đất nhô lên để rồi lại biến xuống - tiếp tục giam chân ở Tây Ban Nha một nửa quân số của đại quân, gồm 300.000 người của những binh đoàn tinh nhuệ nhất của Na-pô-lê-ông. Nhưng hoàng đế đã vội vã đưa ra chiến trường nửa còn lại để đương đầu với áo trong một chiến dịch mới và gian khổ. Một cuộc trưng binh trước kỳ hạn ở Pháp đã cung cấp cho Na-pô-lê-ông 100.000 tân binh. Ngoài ra, Na-pô-lê-ông còn hạ lệnh cho các nước chư hầu Đức nộp 100.000 lính, và họ đã lặng lẽ thi hành. Rồi Na-pô-lê-ông tuyển lựa hơn 110.000 cựu binh có thể đặc biệt trông cậy được, và đã gửi sang ý 70.000, vì cũng phải phòng ngừa quân áo tiến công mặt này.
Như vậy là vào mùa xuân năm 1809, Na-pô-lê-ông điều động gần 300.000 quân để đối phó với áo. Nhưng áo cũng đã tập hợp tất cả lực lượng của mình. Triều đình Viên, đại quý tộc, trung quý tộc - những kẻ khởi xướng cuộc chiến tranh này - đều nhất trí: lần này, ngay cả quý tộc Hung cũng tỏ lòng hoàn toàn trung thành với "nhà vua". Thật ra, vấn đề là bênh vực và củng cố quyền lợi thiêng liêng chung: chế độ nông nô mà diện tích đã bị thu hẹp lại rất nhiều trên bản đồ, và về phương diện chính trị, đã bị ba cuộc chiến tranh thảm hại năm 1796 - 1797, năm 1800 và năm 1805 làm lung lay mạnh, và ba cuộc chiến tranh này đã mang lại cho nước Pháp những vùng đất đai đẹp đẽ nhất của dòng họ Háp-xbua. ở Bô-hêm, trừ giai cấp tư sản công nghiệp, có lợi trong cuộc phong tỏa lục địa, là tương đối bàng quan đối với nền quân chủ của nước áo, còn giai cấp tư sản thương mại và quần chúng tiêu thụ thì bị thiệt hại vì đạo luật Béc-lin. Chính vì lẽ đó mà cuộc chiến tranh do triều đình áo tiến hành vào năm 1809 có tính chất nhân dân hơn cả ba cuộc chiến tranh trước đây với Na-pô-lê-ông. ở áo và Đức, bằng đủ cách người ta nhắc đi nhắc lại: "Rồi thì ánh mặt trời sẽ chiếu về phía Tây Ban Nha".
Toàn thế giới nín hơi chờ đợi. Na-pô-lê-ông cùng ba thống chế xuất sắc nhất là Đa-vu, Mát-xê-na và Lan-nơ, đã sẵn sàng chiến đấu. Na-pô-lê-ông đợi nước áo "tiến công" trước vì như vậy là áo sẽ cung cấp thêm cho Na-pô-lê-ông một luận chứng nữa trong cuộc đàm luận quan trọng với A-lếch-xan đã bắt đầu ở éc-phua nhưng vẫn còn chưa đi đến kết luận: Na-pô-lê-ông vẫn còn hy vọng nước Nga sẽ tiến đánh nước áo.
Ngày 14 tháng 4 năm 1809, đại công tước Sác-lơ, viên tướng xuất sắc nhất của nước áo, tiến vào Ba-vi-e. Na-pô-lê-ông bắt đầu vào cuộc chiến và tin chắc trong vòng hai tháng sẽ buộc áo phải hạ khí giới, và lúc đó, nếu thấy cần thiết Na-pô-lê-ông sẽ lại sang Tây Ban Nha.
Thật ra Na-pô-lê-ông ít trông cậy vào số 100.000 lính Đức, những người lính bất đắc dĩ, đã chiếm một phần ba quân số của Na-pô-lê-ông. Na-pô-lê-ông biết rằng những đội quân vô cùng tinh nhuệ, có nhiều kinh nghiệm chiến đấu thì còn đang đóng ở Tây Ban Nha, và số lính lão luyện của quân đội Pháp đã bị thiệt hại ở đó bao nhiêu mà kể. Nhưng không phải chỉ có một mình Na-pô-lê-ông biết điều đó. Lần này quân áo chiến đấu với tinh thần dũng cảm và kiên cường. Trận đánh lớn đầu tiên xảy ra ở gần A-ben-xbéc thuộc xứ Ba-vi-e. Quân áo bị đánh tan mất hơn 13.000 người. Họ chiến đấu không kém phần dũng cảm, còn dũng cảm hơn cả trận ác-cô-lơ, Ma-ren-gô, Au-xtéc-lít. Trận thứ hai ở éc-mun vào ngày 22 tháng 4 cũng kết thúc bằng thắng lợi của Na-pô-lê-ông. Đại công tước Sác-lơ bị đánh bật khỏi bên kia sông Đa-nuýp và bị tổn thất nặng nề. ở đó, thống chế Lan-nơ sau khi hoàn thành cuộc hành binh của mình liền xung phong vào Ba-ti-xbon. Na-pô-lê-ông chỉ huy vây thành, đã bị thương ở chân trong khi tác chiến. Người ta tháo ủng cho hoàng đế, băng vội vết thương, và hoàng đế đã lên ngựa ngay, nghiêm cấm không cho ai được nói đến vết thương để binh lính khỏi hoang mang. Khi bước vào thành phố đã chiếm được, Na-pô-lê-ông vẫy chào các đơn vị đang hoan hô đứng đón, vừa mỉm cười để che giấu sự đau đớn kinh khủng của mình. Hai trận éc-mun và Ra-ti-xbon dã làm cho quân áo bị thiệt mất 50.000 người nữa vừa chết vừa bị thương, bị bắt làm tù binh hoặc mất tích. Trong năm ngày, Na-pô-lê-ông đã thắng được năm trận đẫm máu.
Tiếp tục truy kích quân của đại công tước Sác-lơ đang rút chạy bên kia sông Đa-nuýp, đến E-be-xbéc, Na-pô-lê-ông đã đuổi kịp, giao chiến và lại đánh bại Sác-lơ lần nữa. Na-pô-lê-ông đốt thành phố và một phần nhân dân (người áo quả quyết là một nửa số dân) trong thành bị thiêu chết. "Chúng tôi đi giữa một vùng đầy mùi thịt người nướng", đó là lời tướng Xa-va-ri, công tước vùng Rô-vi-gô, khi báo cáo về việc kỵ binh Pháp đi qua E-be-xbéc hoang tàn. Vó ngựa ngập trong đống lầy nhầy ghê tởm lênh láng khắp đường phố. Đó là vào ngày 3 tháng 5. Ngày 8, Na-pô-lê-ông lại nằm trong hoàng cung Sơn-brun như hồi năm 1805, và đến ngày 13, thị trưởng thành Viên lại đem nộp kinh thành áo cho hoàng đế. Chiến dịch có vẻ như kết thúc. Nhưng Sác-lơ, sau khi bảo toàn được bộ đội của mình, đã có đủ thời gian chuyển quân vượt qua cầu ở Viên sang tả ngạn sông Đa-nuýp rồi cho đốt cầu. Lúc ấy Na-pô-lê-ông quyết định phải cố gắng tiến hành một cuộc hành binh khó khăn nhất. Cách bờ phía thành Viên (hữu ngạn) chừng nửa ki-lô-mét có một bãi cát trên sông Đa-nuýp nối liền với đảo Lô-bau. Nhận định rằng từ hòn đảo đó, quân đội của mình có thể dễ dàng vượt qua nhánh sông hẹp ngăn cách Lô-bau với tả ngạn sông Đa-nuýp (ở phía bắc), Na-pô-lê-ông quyết định bắc một chiếc cầu bằng thuyền đến bãi cát ấy và cho chủ lực vượt qua, với những đội ngũ thưa thớt, vì đã tổn thất trong chiến đấu và vì phải để lại phòng giữ ở dọc đường. Cuộc vượt sông sang đảo Lô-bau đã được thực hiện ngày 17 tháng 5. Sau đó Na-pô-lê-ông lại bắc một chiếc cầu bằng thuyền nữa để nối liền đảo với bờ tả. Quân đoàn của Lan-nơ vượt qua cầu đầu tiên, tiếp theo là quân đoàn của Mát-xê-na, và hai thống chế chiếm lấy hai cái làng nhỏ (át-pe và E-di-linh) ở ven sông. Nhưng tức khắc, hai quân đoàn trên và những đơn vị khác của quân Pháp đi theo sau bị đại công tước Sác-lơ đột kích. Một trận chiến đấu ác liệt xảy ra; và trong khi Lan-nơ, cùng với đội kỵ binh của mình xông vào chém giết quân áo đang rút lui rất trật tự thì chiếc cầu nối bờ hữu ngạn (bên thành Viện) với đảo bị gãy và đột nhiên quân Pháp không nhận được đạn dược mới rồi vẫn còn liên tục tiếp tế đến cho họ. Na-pô-lê-ông ra lệnh cho Lan-nơ vừa đánh vừa rút lui ngay lập tức, và đã bị tổn thất nặng nề. Trong khi tác chiến, Lan-nơ bị trúng đạn gãy xương và cụt gần hết hai chân. Lan-nơ chết trong tay Na-pô-lê-ông và trong khoé mắt của ông, người ta thấy lần này là lần thứ hai ướt lệ. Quân Pháp rút về đảo Lô-bau, mặc dù Na-pô-lê-ông tự an ủi trong tư tưởng là trận này quân Pháp chỉ mất có 10.000 người cả thảy (thật ra hơn thế nhiều) và đại công tước Sác-lơ mất 35.000 (thực tế chỉ chừng 27.000), nhưng sự thất bại và sự rút chạy lần này thật quá rõ ràng. Việc này xảy ra ngày 21 và 22 tháng 5.
Triều đình và chính phủ áo xiết bao vui mừng, chuẩn bị trở về kinh thành mà họ vừa mới bỏ chạy. Chẳng hề khoe khoang về thắng lợi của mình, đại công tước Sác-lơ, viên tướng tài năng và phẩm cách đứng đắn, bực dọc về những sự quá trớn ấy của triều đình. Nhưng dù sao đi nữa, đó cũng không phải cuộc giải vây thành A-crơ vào năm 1799 và cũng không phải là trận Ai-lau hồi năm 1807. Cuộc thử thách lần thứ ba của Na-pô-lê-ông còn nặng nề hơn, sự thất bại còn rõ rệt hơn. Na-pô-lê-ông biết rằng ở Đức, viên thiếu tá người Phổ là Sin bỗng nhiên cùng với trung đoàn kỵ binh của mình chống lại quân Pháp bằng một thứ chiến tranh du kích; rằng An-đrê-át Hô-phe, người nông dân vùng Ti-rôn, cũng tiến hành một cuộc chiến tranh tương tự ở vùng núi Ti-rôn; rằng tình hình ở ý chẳng yên ổn chút nào, và ở Tây Ban Nha - mặc dù Na-pô-lê-ông đã để lại chừng 300.000 quân, gồm những binh đoàn tinh nhuệ nhất của đại quân - cuộc chiến tranh khủng khiếp lại bắt đầu ác liệt gấp bội. Tin tức về trận ét-xtin mà hoàng đế đã bị bắt và bị giam ở đảo Lô-bau (ở châu Âu nhân dân kể chuyện lại như vậy, lấy ý muốn của mình làm hiện thực), đã gây khí thế mới cho những chiến sĩ đang nổi lên ở khắp mọi nơi.
Tuy vậy, Na-pô-lê-ông vẫn giữ được bình tĩnh và can đảm. Hình như trong trận thử thách khủng khiếp ấy, nỗi đau xót duy nhất của Na-pô-lê-ông có lẽ cái chết của thống chế Lan-nơ, chứ tuyệt nhiên không phải là sự thất bại của cuộc chiến đấu. Na-pô-lê-ông biết rằng quân áo bị một đòn nặng ở ét-xlin và trong đợt đầu của chiến dịch, trước chiến dịch Viên, quân áo mất hơn 50.000 quân, gấp bội quân Pháp và trong khi tăng cường bổ sung quân đội, vạch kế hoạch tác chiến mới và trong khi chăm chú đọc các báo cáo từ khắp nơi trong các nước chư hầu gửi tới hàng ngày, Na-pô-lê-ông đặc biệt chú ý đến tất cả các thành phần binh chủng. Na-pô-lê-ông nghe với vẻ tò mò việc giáo hoàng Pi VII và các hồng y giáo chủ đã giảng rằng trận ét-xlin là một hình phạt của Chúa Trời giáng xuống kẻ đi áp bức hoàn cầu, kẻ cường bạo, kẻ xúc phạm và ngược đãi giáo hội. Mặc dù phải lo lắng nhiều việc, Na-pô-lê-ông cũng không quên việc đó và ghi nhớ hành động ấy của người thay mặt đức Chúa Trời trên trái đất. Suốt mùa hè năm 1809, nhiều tin dữ từ nước Anh bay đến tai hoàng đế rằng ở Anh người ta đang chuẩn bị một đội quân viễn chinh nhằm mở một hướng phụ ở phía bắc nước Bỉ. 40.000 lính và 30.000 thủy binh tham gia cuộc đổ bộ lên đảo Van-se-ren. Quân Anh đã chiếm được Phlét-xin-ghe trong ít lâu, nhưng sự chiếm đóng này cuối cùng bị thất bại và quân Anh đã bị đánh nên thân, buộc phải trương buồm kéo quân về nước.
Na-pô-lê-ông chạy đi chạy lại giữa Viên, Sơn-brun và đảo Lô-bau. Na-pô-lê-ông liền gây cho binh sĩ niềm tin tưởng vào thắng lợi sắp tới: vào trung tuần tháng 6, quân đội được nghỉ ngơi và tăng cường, đảo Lô-bau được xây dựng kiên cố đặc biệt. Hoàng đế hoàn toàn tin chắc là đại công tước Sác-lơ trong suốt thời gian này không hoạt động gì, nay thực sự không còn khả năng chủ động tiến công, và giờ đây việc phát lệnh trận đánh quyết định mọi việc là tuỳ thuộc vào Na-pô-lê-ông.
Sau khi kiểm tra lần cuối cùng các công việc chuẩn bị khẩn cấp về mặt quân sự, Na-pô-lê-ông chỉ còn có mấy ngày để nghỉ ngơi, nhưng trước hết đã dành để lo việc giáo hoàng Pi VII sau này phải đền nợ một cách đau đớn về sự minh mẫn, và trước hết, về sự hấp tấp cho rằng kết quả của trận ét-xlin là do sự phán xét của Thượng đế. Mà cũng vì vậy nên ngày 17 tháng 5 năm 1809, trước trận này, Na-pô-lê-ông đã ra sắc lệnh sáp nhập thành phố Rôm và tất cả những vùng đất đai thuộc Tòa Thánh vào đế quốc Pháp.
"Ban hành tại bản doanh của hoàng đế ở Viên, Na-pô-lê-ông ". Đó là câu kết thúc cái sắc lệnh tước của giáo hoàng những vùng đất đai mà giáo hoàng đã chiếm giữ theo cái đạo luật nổi tiếng cũng như theo truyền thuyết thừa hưởng "tặng vật của Chúa Trời ban" do các giáo hoàng thời trung cổ đã chế tạo ra và coi như chẳng phải do hoàng đế Công-xtan-tin đã ban tặng cho giáo hoàng Xin-vét đệ nhất, vào đầu thế kỷ thứ IV.
Ngay sau khi vừa ban hành sắc lệnh đó, quân đội Pháp chiếm đóng hẳn Rôm vào ngày 10 tháng 6 và Tòa Thánh bị mất tất cả những cái đã có từ 1.500 năm nay. Pi VII bị áp giải về Xa-von, trên bờ biển thuộc vịnh Giên ở ý.
Vừa giải quyết xong việc Giáo hoàng, Na-pô-lê-ông liền tiến hành nốt những công việc chuẩn bị cuối cùng về quân sự. Ngày 2, 3 và 4 tháng 7, hoàng đế điều đến đảo Lô-bau nhiều quân đoàn mới với hơn 550 cỗ pháo. Ngày 5 tháng 7, Na-pô-lê-ông ra lệnh bắt đầu vượt sông sang bờ tản ngạn. Quân đoàn Mắc-đô-nan cũng được điều từ nước ý tới nhập vào đội quân đã được tăng cường của Na-pô-lê-ông. Trận đánh ngày 5 tháng 7 năm 1809 đã bắt đầu không như đại công tước Sác-lơ đã dự kiến và cũng không xảy ra đúng nơi mà ông ta phán đoán. Không bao giờ hành động của như kẻ địch dự tính: Na-pô-lê-ông lấy đó làm nguyên tắc hành động tuyệt đối. Quân Pháp có vào khoảng từ 550 đến 560 khẩu pháo, quân áo có trên 500 khẩu, và pháo binh của cả hai bên đều đầy đủ đạn dược. Cuộc vượt sông Đa-nuýp tiến hành với một trật tự hoàn hảo. Trong trận chiến đấu này, một trong những trận ác liệt nhất, những phút nguy kịch đối với Na-pô-lê-ông đã xảy ra vào ngày 5 và đặc biệt là ngày 6. Na-pô-lê-ông ở vào giữa trận đánh: các thống chế Đa-vu, Mắc-đô-nan, Mát-xê-na, tướng Đru-ô, chỉ huy pháo binh, đã hành động chính xác ít thấy trong những cuộc giáp chiến khổng lồ như vậy. Sau một đợt pháo khủng khiếp, "mũi Mắc-đô-nan", gồm 26 tiều đoàn dàn thành một hình vuông mỗi bề 1.000 mét, phá vỡ được khu trung tâm của quân áo, mặc dù đã bị thiệt hại rất lớn. Các đội dự bị tiến theo sau. Xa hơn nữa, ở phía bắc, Đa-vu, nhận chỉ thị của hoàng đế là lấy làng Va-gram nằm ở trên các điểm cao làm mục tiêu, đã cường tập chiếm được Va-gram, và thế là quyết định sự thất bại của toàn bộ quân đội áo. Đến tối ngày 6 tháng 7 năm 1809, tất cả đã kết thúc. Quân áo bị đánh bật ra khỏi các vị trí của mình, nhưng toàn quân không bị rối loạn, có một bộ phận quân đội đã rút lui một cách trật tự. Sự thất bại của quân áo ở Va-gram không kém phần khủng khiếp, cũng không kém nặng nề hơn trận Au-xtéc-lít; ngày thứ hai, quân áo mất chừng 37.000 người vừa bị chết, bị thương và bị bắt. Mặc dù quân Pháp bị thiệt hại ít hơn bên bại trận, nhưng tổn thất của họ cũng rất lớn. Thắng lợi phải trả bằng giá rất đắt.
Cuộc truy kích quân áo bại trận kéo dài gần hết tuần lễ sau. Na-pô-lê-ông tung kỵ binh rượt theo tàn quân áo, và cuối cùng đã đánh họ tan tác từng mảnh. Vào đến thành Xơ-nai, ngày 11 tháng 7, Na-pô-lê-ông được báo là hoàng thân Lít-sen-xtai, hầu cận của hoàng đế Phran-xoa vừa mới tới xin yết kiến. Hoàng đế áo đề nghị đình chiến. Na-pô-lê-ông chấp thuận với những điều kiện nghiệt ngã: chừng nào hòa ước chưa ký xong thì trên tất cả những nơi thuộc đất áo, mà lúc ngừng bắn dẫu chỉ có một phân đội nhỏ của quân Pháp đã lọt vào, quân áo đều phải rút đi hết và giao lại cho quân Pháp để làm tin. Lít-sen-xtai chấp thuận tất cả.
Các cuộc đàm phán bắt đầu tiến hành. Hoàng đế Phran-xoa mất tinh thần, bây giờ nguyền rủa những kẻ nào trong suốt một năm rưỡ i trời đã xúi hoàng đế gây nên cuộc chiến tranh khủng khiếp này, cuộc chiến tranh đẫm máu không hề có ở áo kể từ cuộc chiến tranh 30 năm đến nay; do đó Phran-xoa sẵn sàng chịu đựng những sự hy sinh lớn lao. Người ta sợ hãi nhắc lại cái hình phạt mà Na-pô-lê-ông đã thi hành đối với giáo hoàng ngay trước lúc đánh trận Va-gram. Vậy thì, sau trận Va-gram, Na-pô-lê-ông sẽ làm gì nước áo?
Tham vọng của Na-pô-lê-ông còn nhiều gấp bội so với thời kỳ sau trận Au-xtéc-lít. Ông ta đòi nhượng lại nhiều tỉnh khác của nước áo: Ca-ranh-xi, Các-ni-ô-lo, It-xtơ-ri, Tơ-ri-ét và cả vùng Tơ-ri-ét, một phần đất đai rộng lớn của nước áo về phía tây và tây - bắc của đế quốc này, vài khoảng đất đai thuộc Ga-li-xi, và một khoảng chiến phí là 134 triệu phlô-ranh vàng. Người áo đã mà cả, kêu xin, giở ngón một cách vô ích. Kẻ chiến thắng lòng gang dạ sắt chỉ giảm số tiền chiến phí xuống 85 triệu và nhượng bộ đôi chút đáng kể về điều kiện đất đai. Trong suốt thời gian đàm phán, Na-pô-lê-ông ngự ở Sơn-brun. Một sự quy phục hoàn toàn nhất bao trùm lên thành Viên và trên toàn cõi nước áo bị chiếm đóng. Ngọn lửa hy vọng được khuấy động lên bởi trận ét-xlin đã bị dập tắt ở áo và ở Đức. Na-pô-lê-ông còn cho ghi vào bản dự thảo hòa ước điều khoản cấm áo duy trì một đội quân quá 150.000 người. Hoàng đế Phran-xoa cũng phải chấp nhận.
Ngày 12 tháng 10, Na-pô-lê-ông đi duyệt đội cận vệ trước cung điện Sơn-brun. Các cuộc duyệt binh đó thường vẫn thu hút được (và đặc biệt là những ngày hội) số đông công chúng ở rất xa xôi háo hức đến xem con người Na-pô-lê-ông, con người đã gợi ở khắp nơi một sự tò mò khao khát. Ông hoàng đế vui lòng cho đám đông ấy đến xem các cuộc phô trương lực lượng: vả lại, Viên làm Na-pô-lê-ông vui lòng vì sự quy phục của nó. Cuộc duyệt binh ngày 12 tháng 10 sắp kết thúc thì một thanh niên, quần áo chỉnh tề, đã lẩn được vào giữa đám kỵ mã tuỳ tùng của hoàng đế, và tay trái cầm lá đơn thỉnh cầu, tiến sát tới gần hoàng đế. Người ta bắt giữ ngay lại trước khi người thanh niên chưa kịp rút trong túi ra một con dao dài nhọn.
Duyệt binh xong, Na-pô-lê-ông ngỏ ý muốn gặp người bị bắt. Đó là một anh Stáp nào đó, sinh viên trường đại học Nau-mơ-bua.
- Tại sao anh muốn giết ta?
- Tôi nghĩ rằng chừng nào Bệ hạ còn sống thì tổ quốc tôi và cả thế giới sẽ không còn biết thế nào là tự do và hòa bình.
- Ai đã xúi giục anh?
- Không ai cả.
- Trong các trường đại học ở nước anh, người ta dạy các anh như thế phải không?
- Thưa ngài, không.
- Anh muốn làm Bru-tút à?
Rõ ràng là người thành niên không đáp, vì sau này Na-pô-lê-ông nói rằng hình như anh ta không rõ lắm Bru-tút là ai.
- Nếu ngay bây giờ ta trả lại tự do cho anh thì anh sẽ làm gì? Anh có định giết ta nữa không?
Sau một lúc lâu im lặng, Stáp đáp:
- Tôi sẽ giết, thưa ngài.
Na-pô-lê-ông im lặng rồi bỏ ra, suy nghĩ rất lung. Ngay tối hôm đó, hội đồng quân sự họp và ngày hôm sau Stáp bị bắn.
Na-pô-lê-ông cấm nói đến và cấm tường thuật việc ấy trên báo chí và, hai ngày sau việc ấy, ngày 14 tháng 10 năm 1809, hoàng đế áo Phran-xoa đệ nhất, cuối cùng quyết định ký hòa ước Sơn-brun, cái hòa ước cắt xén một cách tàn nhẫn đất đai của áo và tăng cường một cách vô hạn độ uy lực của kẻ độc tài của châu Âu.
Nước áo đã phải trả cái mưu đồ tuyệt vọng và khốn khổ của mình, là quẳng cái ách của Na-pô-lê-ông, bằng hàng chục vạn sinh mệnh, bằng sự tàn phá của đất nước, bằng một khoản chiến phí nặng nề, bằng gần một phần ba số tỉnh giàu đẹp nhất, bằng hàng bao nhiêu triệu dân và bằng sự lệ thuộc vào kẻ chiến thắng một cách chặt chẽ, nghiệt ngã hơn.