Sau trận Ma-ren-gô, trước hết Bô-na-pác phải ký hoà ước với quân áo. Sau đó, ông ta muốn thương lượng với nước Anh, với châu Âu liên minh nói chung, và cuối cùng là tiếp tục hoàn thành việc xây dựng pháp chế đã bắt đầu từ sau cuộc đảo chính Tháng Sương mù, nhưng bị gián đoạn vì đi đánh nước ý.
Nhưng một nỗi lo âu khác làm Bô-na-pác phải quan tâm tới và buộc ông ta phải chuyển hướng những nhiệm vụ cơ bản của mình trong suốt cả thời kỳ của chế độ Tổng tài: cuộc đấu tranh chống những người Gia-cô-banh và bảo hoàng. Phu-sê cho rằng trước mắt là bọn bảo hoàng đang gây mối uy hiếp nghiêm trọng nhất, nhưng Bô-na-pác đã không còn tin Phu-sê nữa, cho rằng vì sợ sự phục hưng của bọn bảo hoàng mà Phu-sê đã không thấy cái tai họa có bạn cũ của y sẽ gây ra và không muốn truy tố họ, cho là họ ít có cơ hội trở lại nắm chính quyền. Nhưng sau trận Ma-ren-gô, riêng vị Tổng tài thứ nhất đã thấy rằng những người Gia-cô-banh là kẻ thù đáng sợ nhất. Ngay từ những ngày đầu chuyên chính, Na-pô-lê-ông đã phải tính đến những kẻ thù "phái tả" và "phái hữu" của ông, đó là những người Gia-cô-banh và bọn bảo hoàng, đối với hai loại kẻ thù này, Na-pô-lê-ông đối phó và cư xử không giống nhau.
Thỏa hiệp với bọn bảo hoàng, Na-pô-lê-ông tỏ ra sẵn sàng công khai tiến hành đàm phán hòa bình với bọn chúng. Chính quyền Tổng tài sẵn sàng nhận những kẻ bảo hoàng đã được xác nhận là bảo hoàng vào làm việc, bằng cách biểu dương chính cái thực tế là họ ưng thuận phục vụ Bô-na-pác bọn họ đáng được khoan hồng. Hơn nữa, Bô-na-pác đã tỏ ra là mình sẵn sàng tha thứ và quên hết mọi việc bằng cách ân xá cho một vài tên bảo hoàng.
Nhưng đối với những người Gia-cô-banh thì sự tình hoàn toàn khác. Sự thật là Bô-na-pác căm thù và khủng bố họ. Có bao giờ Na-pô-lê-ông là một người cách mạng đâu; tình thân mật nhất thời với người em trai của Rô-be-xpi-e và những người Gia-cô-banh chẳng qua chỉ là chủ nghĩa cơ hội. Bản chất chuyên chế, lại độc tài đến tận chân tơ kẽ tóc, sau ngày 18 Tháng Sương mù, Na-pô-lê-ông đã khao khát thiết lập dưới hình thức này hoặc dưới hình thức khác nền quân chủ mà bọn đại tư sản mong mỏi. Na-pô-lê-ông không thể đánh giá đúng quá khứ của những người Gia-cô-banh, cái đã tạo nên công lao to lớn của họ về mặt lịch sử, và công lao đó chính là ở chỗ họ đã cứu được cách mạng trọng giờ phút hiểm nghèo nhất. Hơn nữa, vì câu kết với giai cấp đại tư sản, bênh vực quyền lợi của chúng mà Na-pô-lê-ông đã đồng hoá với cách nhìn của chúng: chỉ nhìn thấy tính chất đàn áp dữ dội của nền chuyên chính Gia-cô-banh mà thôi, đồng thời cố tình lờ đi những nguyên nhân tất yếu của hiện tượng ấy và những kết quả của sự cứu vãn nước Pháp cách mạng. Vào năm 1812, không tìm ra được cách nào hơn nữa để lăng nhục Rô-xtốp-sin, người mà ông ta cho là đã đốt thành Mat-xcơ-va, Na-pô-lê-ông bèn gọi Rô-xtốp-sin là "Ma-ra Nga", vậy là đã so sánh một người đã hiến dâng cả đời mình cho cách mạng với tên chúa đất Mát-xcơ-va, với tên chủ nô; đối với Rô-xtốp-sin, việc cứu nước Nga đồng nhất với việc duy trì chế độ nô lệ và việc Rô-xtốp-sin tham gia bảo vệ tổ quốc bằng "Những tờ cáo thị" chỉ có giá trị như một tên hề và một tên pha trò ở hội chợ. Rô-xtốp-xen vô cớ thọc gậy vào bánh xe của Cu-tu-dốp và tố cáo Cu-tu-dốp với Nga hoàng. Về mặt chính trị thì cũng có lợi cho Na-pô-lê-ông, vì như vậy trong tư tưởng của thế hệ trẻ, nền chuyên chính Gia-cô-banh đã không gợi ấn tượng gì khác ngoài những sông máu, núi xương và muôn hình muôn vẻ tàn khốc.
Tuy nhiên, khối óc minh mẫn rất mực của Na-pô-lê-ông không thể hoàn toàn phủ nhận mọi thành tích của nền chuyên chính ấy được. Na-pô-lê-ông căm thù những người Gia-cô-banh, nhưng có lần, vào năm 1793-1794, khi nói về nền chuyên chính Gia-cô-banh, Na-pô-lê-ông đã tuyên bố thẳng ra rằng Hội nghị Quốc ước đã cứu vãn nước Pháp. Mặt khác, Na-pô-lê-ông vô cùng khinh bỉ Lu-i XVI, như ông ta đã kinh bỉ những kẻ tâm hồn yếu đuối, "Báo cho bà ấy biết rằng tôi không phải là Lu-i XVI", Na-pô-lê-ông đã nói như vậy khi được biết bà Xta-en đã nói quá nhiều ở trong phòng khách của bà ta.
Và khi biết đích xác rằng những kẻ thù bất khuất nhất và không đội trời chung nhất là ở trong số những người Gia-cô-banh còn lại thì, dù còn chưa tìm thấy họ, Na-pô-lê-ông vẫn hành hạ tàn nhẫn những người Gia-cô-banh.
Việc hành hạ những người Gia-cô-banh bắt đầu từ sau ngày 18 Tháng Sương mù và, trong thực tế, đến tận mãi cuối thời kỳ đế chế vẫn chưa chấm dứt, không kể một đôi lúc tạm ngừng.
Những vụ bắt bớ người Gia-cô-banh hoặc những người coi như có quan hệ mật thiết với họ diễn ra ở thủ đô và hơn nữa còn ở cả các tỉnh. Giai cấp quý tộc địa phương không bị xâm phạm, bọn lưu vong thì được ân xá trở về, giai cấp tư sản sống đàng hoàng thoải mái, và ở nông thôn, tầng lớp nông dân hữu sản mới, tất cả đều nhẵn mặt những người lãnh đạo cũ của cái tổ chức Gia-cô-banh địa phương, những viên chức cũ của thời Rô-be-xpi-e; bây giờ họ thanh toán mối thù cũ của họ với đối phương một cách thậm tệ, khốc liệt gấp trăm lần. Nhờ hành động khiêu khích điên cuồng của bọn cảnh binh chính trị, người ta đã đưa vội ra được cái gọi là "âm mưu" ngày 10 tháng 10 năm 1800, nghĩa là người ta bắt được ở nhà Hát lớn bốn người đàn ông mang dao găm, tìm cách lọt vào buồng xem hát riêng của vị Tổng tài thứ nhất. Đem giết cả bốn người ấy vẫn chưa vừa lòng nên người ta còn tiến hành bắt bớ trong khắp nước Pháp hàng loạt những "người Gia-cô-banh". Phần lớn những người này không bao giờ được trở về tổ quốc nữa, hoặc có thì chỉ khi nào đã bị tàn phế sau nhiều năm cấm cố tù đày. Một số chết ở trong nhà giam (lúc bấy giờ nạn "tự tử" của các tù nhân chính trị rất phổ biến), một số khác chết ở Cay-en, một thuộc địa của nước Pháp chuyên dùng để đày ải. Sau vụ "âm mưu" ấy một tháng, (ngày 18 tháng 11 năm 1800), cảnh binh của Phu-sê bắt được một người Gia-cô-banh chính cống là Sơ-va-li-ê đang chế tạo một quả bom. Một làn sóng bắt bớ và tù đày mới lại tràn ngập khắp nước. Người ta bắt bớ lung tung, bắt cả những người "đáng ngại" tuy họ chẳng biết tí gì về cái ông Sơ-va-li-ê ấy cũng như âm mưu của ông ta. Hơn nữa, vào tháng 12 năm ấy, lại xảy ra vụ âm mưu ghê gớm nhằm hạ sát vị Tổng tài thứ nhất; thực tế, những người Gia-cô-banh chẳng hề dính líu gì vào mụ này, nhưng Na-pô-lê-ông đã vin vào cớ đó để dùng những biện pháp mới khốc liệt hơn chống những người Gia-cô-banh.
Ai muốn tìm hiểu sâu bản chất của Na-pô-lê-ông và muốn tìm hiểu những động cơ thực của ông ta thì không nên để mình bị cám dỗ bởi những manh ý khéo léo đầy dẫy trong vô số cuốn sách viết về ông ta; những cuốn sách ấy đều miêu tả Na-pô-lê-ông cụ thể như một người "nửa cách mạng"; trước hết là bọn thù địch của Na-pô-lê-ông thường gọi như vậy, rồi vào nửa đầu thế kỷ thứ XIX thì bọn xu nịnh gọi ông ta là "một Rô-be-xpi-e cưỡi ngựa". Nhưng không bao giờ ông ta là thế cả. Bản chất chuyên chế, bẩm sinh độc tài, nhưng biết tính đến hoàn cảnh, nên trong những ngày đầu, Na-pô-lê-ông thấy cần thiết phải để cho một vài dấu vết thuần tuý hình thức ấy của nền cộng hòa tư sản được tồn tại. Nhưng ngay sau khi đã có thể làm được thì Na-pô-lê-ông quét sạch tất cả những gì của nền cộng hòa để lại và kiên quyết dốc hết tâm trí vào việc biến nước Pháp thành một quốc gia quân phiệt và chuyên chính, biến châu Âu thành một cụm vương quốc chư hầu, thuộc địa và nửa thuộc địa hoàn toàn lệ thuộc và cái chế độ quân phiệt hà khắc ấy. Dưới nền quân chủ Na-pô-lê-ông không có chỗ đứng cho người Gia-cô-banh và tư tưởng Gia-cô-banh với những ước vọng như: thành lập "những nước cộng hòa anh em", thực hiện bình đẳng và tự do. Na-pô-lê-ông ghét cay ghét độc những điều ấy. Ăng-ghen đã chú ý đặc biệt đúng mức đến cái ngày có tính chất lịch sử (ngày "thành hôn của nước áo"), vì sau ngày ấy, nền đế chính mới của Na-pô-lê-ông bắt đầu mang nhanh chóng tất cả những đặc điểm bề ngoài của những nền quân chủ cổ truyền. Rất tự nhiên rằng hình thức tàn bạo cũ hay mới đều không thể nào dung hòa được với truyền thống anh hùng Gia-cô-banh, cũng không thể dung hòa được với ngay cả những hồi ức hết sức yếu ớt và thậm chí giản đơn nữa về nền cộng hòa tư sản đã qua.
Cuộc đàn áp man rợ và hoàn toàn độc đoán chống người Gia-cô-banh, trừ những hình thức "hợp pháp" đã đặt ra, là một trong số những đặc điểm rõ nhất của triều đại Na-pô-lê-ông. Không đếm xỉa gì đến ý kiến của chủ mình, ngay sau ngày 18 Tháng Sương mù - như trên đã nói - Phu-sê cho rằng những người Gia-cô-banh hiện không nguy hiểm như bọn bảo hoàng, những kẻ tán thành việc phục hưng dòng họ Buốc-bông.
Đúng là trong hoàn cảnh ấy, Phu-sê đã tỏ ra hơn người chủ của y nhiều về trí sáng suốt của một tên mật thám. Sự thật là bá tước xứ Prô-văng, kẻ nhấp nhổm muốn lên ngôi vua nước Pháp, Sác-em trai y- và hầu hết những kẻ thủ lĩnh xuất dương đều tin rằng sau Tháng Sương mù thì bản thân sự thắng lợi của cuộc đảo chính cùng việc thiết lập nền chuyên chính đã vạch ra rằng thời cơ phục hưng nền quân chủ đã chín muồi. Nếu đã như vậy thì hẳn là bây giờ nước Pháp muốn một nền quân chủ lịch sử cố hữu hơn là muốn khuất phục một tay mạo hiểm người Coóc? Sau 10 năm sôi sục, ngày 18 và 19 Tháng Sương mù, cách mạng đã bị giết tươi. Từ nay trở đi, cái bàn tay đã bóp chết Viện Đốc chính hồi tháng 11 năm 1799 ở Xanh Clu và đã đánh bại quân áo ở Ma-ren-gô hồi tháng 6 năm 1800, chỉ còn có việc đặt ông vua rất ngoan đạo là Lu-i XVIII, trong một thời gian nữa vẫn còn là bá tước xứ Prô-văng lên ngai của tổ tiên.
Người ta không rõ ông bá tước Prô-văng có tự mình quyết định lấy cuộc vận động lạ lùng ấy không (trước trận Ma-ren-gô, sau cuộc đảo chính Tháng Sương mù ba tháng rưỡi), hay là do sự bày mưu vẽ mẹo của người em, con người mà tạo hoá đã quá hà tiện khi ban phát trí thông minh; chỉ biết rằng Lu-i đã gửi từ Mi-tô, nơi Lu-i cư trú lúc đó, một bức thư lên Tổng tài thứ nhất, trong đó yêu cầu Bô-na-pác phục hưng triều đại của dòng họ Buốc-bông. Bô-na-pác chỉ còn việc đòi hỏi cho mình và cho bạn hữu mọi sự đền bù mà Bô-na-pác muốn tức khắc được ngay! Hơn nữa, Bô-na-pác sẽ được "đời sau mang ơn"! Bô-na-pác không trả lời. Thế là người ta lại cấp tốc gửi cho Bô-na-pác cũng như Giô-dê-phin những thông điệp mới, những đề nghị mới, những thư từ mới.
Mùa hạ năm 1800, sau trận Ma-ren-gô, Lu-i lại thỉnh cầu lần nữa lên Tổng tài thứ nhất khi thấy hiển nhiên Na-pô-lê-ông có thể quyết định vận mệnh nước Pháp theo ý muốn. Lần đầu và cũng là lần cuối cùng, Bô-na-pác trả lời cho kẻ nhòm ngó ngôi vua:
"Thưa ngài, tôi đã nhận được thư ngài. Xin cảm ơn ngài đã nói với tôi những điều thật thà trong thư. Ngài không nên hy vọng quay trở về nước Pháp; ngài sẽ phải bước lên hàng chục vạn xác chết. Ngài hãy hy sinh quyền lợi của ngài cho an ninh và hạnh phúc của nước Pháp: lịch sử sẽ nhớ tới ngài".
Khi bọn lưu vong biết Bô-na-pác không phải là hạng người để người ta trị, mà đúng là kẻ đi trị vì nước khác, và đứng trước sự chối từ dứt khoát của Bô-na-pác người ta quyết định giết ông ta.
ý định trên nảy ra dường như cũng cùng một lúc trong phái Gia-cô-banh. Nhưng đối với những người Gia-cô-banh, sự việc đã kết thúc bằng một cuộc khiêu khích thắng lợi của Phu-sê. Khi bọn tay chân báo cho biết có một âm mưu đang được chuẩn bị và biết đích xác sẽ xảy ra, ở nhà hát vào buổi diễn tối ngày 10 tháng 10, Phu-sê cho bắt những người chủ mưu (Xê-rắc-si, A-rê-na, Đê-méc-xin, Tô-pi-nô Lơ-broong) ngay khi bọn người vũ trang ấy đang lần tới chỗ ngồi của Tổng tài thứ nhất. Về sau, người ta đã quả quyết rằng vũ khí ấy là do chính Phu-sê cung cấp cho họ. Những người chủ mưu bị hành hình và ảnh hưởng của Phu-sê được củng cố. Bọn khiêu khích của Phu-sê hoạt động ráo riết, tìm cách thâm nhập khắp nơi, từ những phòng chơi của giới thượng lưu cho đến những quán ăn tồi tàn nhất.
Ngày 3 Tháng Tuyết (tức là ngày 25-12-1800), khi Tổng tài thứ nhất qua phố Xanh Ni-két đến nhà hát thì có một tiếng nổ khủng khiếp. Xe của Bô-na-pác đi qua cạnh quả bom ấy đúng 10 giây thì có tiếng nổ. Hè phố ngổn ngang người chết và bị thương, còn chiếc xe bị hư hỏng phần nửa phía sau, vun vút đưa Bô-na-pác bình yên vô sự đến nhà hát. Ông ta vào chỗ ngồi, vẻ ngoài rất thản nhiên, đến nỗi một lát sau công chúng ngồi đầy trong rạp mới biết tin sự biến xảy ra. Cuộc điều tra ngay tại chỗ lúc đầu không đem lại kết quả gì, ở nơi xảy ra vụ mưu sát không có ai bị bắt. Bô-na-pác tin chắc rằng cuộc mưu sát lần này do người Gia-cô-banh bố trí. trong khi buộc tội Phu-sê là đã quá quan tâm đến bọn bảo hoàng và không chú ý đầy đủ đến người Gia-cô-banh, Bô-na-pác quyết định thanh toán gọn cánh tả. Lệnh ban ra lập một bản danh sách 130 tên gồm những thủ lĩnh Gia-cô-banh hoặc những người liệt vào loại như vậy; họ bị bắt và phần lớn bị đày ra Guy-an và Xây-sen. Có mấy ai ở đó đã được trở về. ở các tỉnh, bọn quận trưởng bám riết hết thảy những ai trong thời kỳ cách mạng đã tỏ ra bằng hành động hoặc bằng lời nói, hưởng ứng cuộc đấu tranh kiên quyết chống bọn phản động. Bọn phản động vừa thoát khỏi cơn bão táp bây giờ quay lại tính sổ với người Gia-cô-banh. Một vài người có tên trong bản danh sách đầu tiên của Phu-sê không bị đi đày nhưng lại bị cùm chặt ở trong các nhà tù của nhà nước, không được xét xử và, ngay cả khi đã tìm ra sự thật, họ cũng không được ra khỏi nhà lao. Kẻ tìm ra sự thật không ai khác ngoài Phu-sê, và hầu như hắn đã tìm ra sự thật đồng thời với lúc hắn đưa những người Gia-cô-banh đi đày hoặc tống họ vào nhà tù. Thật ra Phu-sê là kẻ đầu tiên biết rằng người Gia-cô-banh không dính líu gì đến vụ mưu sát và hắn đày họ đi chẳng qua chỉ để lấy lòng Na-pô-lê-ông trong cơn thịnh nộ.
Đúng hai tuần lễ sau cuộc mưu sát, trong lúc cuộc khủng bố chống người Gia-cô-banh đang ở đỉnh cao, người ta bắt một tên Các-bông nào đó, rồi đến lượt Xanh Rê-dăng, Buốc-mông và vài chục tên bảo hoàng trú ngụ ở Pa-ri một cách hợp pháp hay không hợp pháp. Các-bông và Xanh Rê-dăng, những tên thủ phạm trực tiếp của vụ mưu sát, đã thú tội. Âm mưu hoàn toàn do bọn bảo hoàng tổ chức nhằm giết Bô-na-pác và dẫn đến sự phục hưng dòng họ Buốc-bông. Điều đó không làm cản trở sự thi hành những biện pháp chống người Gia-cô-banh, mà đồng thời còn làm cho Bô-na-pác quyết tâm thẳng tay chống bọn bảo hoàng. Đứng về mặt chính trị mà nói, như vậy là Bô-na-pác đã quyết định hành động nhất cử lưỡng tiện. Sau này, khi người ta nói với Bô-na-pác rằng Phu-sê thừa nhận những người Gia-cô-banh bị mang đi đày là hoàn toàn vô tội, Bô-na-pác trả lời: "úi chà... Phu-sê! bao giờ hắn cũng như vậy! Mà bây giờ việc ấy đối với tôi không thành vấn đề lắm, tôi giũ được của nợ ấy đi rồi" (tức là những người Gia-cô-banh). Theo bước những người Gia-cô-banh, những kẻ bảo hoàng chính phạm bị đưa lên máy chém, còn những kẻ khác thì một số lớn bị đưa đi đầy.
Tuy nhiên, cơn thịnh nộ của Bô-na-pác với bọn bảo hoàng lúc đó không mãnh liệt như người ta tưởng. Để phán đoán điều đó, phải căn cứ vào sự đàn áp đã giáng xuống những người Gia-cô-banh là những người hoàn toàn vô tội trong "vụ bom nổ". Nhưng những người thân cận của Na-pô-lê-ông nhận xét rằng, Na-pô-lê-ông đã trút hết giận dữ lên đầu những người Gia-cô-banh trong những ngày mới xảy ra vụ mưu sát, vậy thì ông ta còn đây giận dữ nữa để mà trút lên đầu bọn bảo hoàng. Chỉ căn cứ vào trình tự tâm lý như vậy thì tìm sao được chân lý. Na-pô-lê-ông biết rất rõ phải hung bạo khi xét ra cần thiết, đồng thời ông ta vẫn giữ được hoàn toàn bình tĩnh. Vấn đề không phải là ở chỗ đó, mà ở chỗ Na-pô-lê-ông nhằm mục đích tách những phần tử bảo hoàng thực tâm muốn hòa hợp với nền trật tự mới ở nước Pháp ra khỏi dòng họ Buốc-bông. Nói một cách khác, kẻ bảo hoàng nào thừa nhận quyền hành của Na-pô-lê-ông là hợp pháp và, với riêng ông ta, kẻ nào chịu khuất phục không một lời phàn nàn thì ông ta sẵn sàng thu nạp và tha cho những tội lỗi trước, nhưng với những kẻ ngoan cố, với những kẻ nào chỉ nghĩ đến việc phục hưng dòng họ Buốc-bông thì Na-pô-lê-ông kiên quyết chống đến cùng.
Ngay trước khi xảy ra trận Ma-ren-gô, Tổng tài thứ nhất đã chỉ thị cho Phu-sê lập danh sách bọn xuất dương có thể cho phép quay trở về nước Pháp và, mặc dầu có "vụ bom nổ", những danh sách ấy vẫn được tiếp tục lập. Những bản danh sách đầu tiên gồm khoảng 10.000 người, trong đó có chừng 52.000 người đã được trở về theo một nghị định ngày mồng 1 Tháng Hái nho (20 tháng 10 năm 1800). Trong những bản danh sách mới, đặc biệt số người tăng lên gấp một lần rưỡi số dự định. Trong số 145.000 người xuất dương, có chừng 141.000 người được phép trở về Pháp dưới sự giám sát của cảnh binh. Chỉ có 3.373 người không được hưởng sự ân xá đó. Nhưng Bô-na-pác không dừng lại đây: theo nghị quyết của Thượng nghị viện ban hành vào tháng 5 năm 1802, tất cả những người xuất dương nào tuyên thệ trung thành với chế độ mới đều được quyền trở về Pháp. Rất đông người xuất dương, kéo lê cuộc đời khốn khổ ở nước ngoài, đã nhận biện pháp ấy để trở về nước Pháp.
Trong một thời gian, những vụ mưu hại không xảy ra. Với tinh thần kiên quyết gấp bội, Bô-na-pác dành hết tâm trí vào việc ngoại giao. Trước và sau thời kỳ này, chưa bao giờ Bô-na-pác lại tha thiết muốn tăng cường sự đoàn kết với các nước đến như vậy. Ông ta cần đến nó để ổn định nền tài chính và cũng còn vì đa số nhân dân Pháp tỏ rõ ra là khao khát hòa bình; cuối cùng, Bô-na-pác hy vọng đó sẽ là một cuộc tạm ngừng chiến để ông ta có thời gian hoàn thành những cải cách đã tiến hành và thực hiện những cải cách mà ông ta đang ôm ấp, trù tính.