Cuộc sống trong tù cũng không đến nỗi tệ lắm. Châu được giam trong một phòng riêng, không phải một xà lim, có một cái giường và một cái bàn. Cửa phòng được để ngỏ khi những tù nhân khác bị giam và bị đóng lại khi họ được cho ra ngoài. Vợ Châu cũng được phép tới thăm nuôi tuần một lần ở phòng thăm tù nhân. Thức ăn được gia đình mang vào; Châu bắt đầu ăn chay. Ông tập yoga mỗi ngày và học chữ Hán. Ông được nhận báo, sách, một máy thu thanh và cuối cùng là một máy truyền hình. Hình như Thiệu chỉ quan tâm tới một điều: giữ cho Châu im tiếng và không được đi lại. Năm tháng trôi qua, từ trong tù Châu theo dõi những biến đổi và tứ tán của bạn bè người Mỹ, những người đã ủng hộ ông và ủng hộ một cách tiến hành chiến tranh khác.
Hai năm trước ngày cuộc ngừng bắn được ký kết năm 1973, cùng với mọi người khác, Châu nghe nói về việc báo New York Times đăng tải những tài liệu của Lầu Năm Góc và chính Dan Ellsberg là nguồn cung cấp. Sau khi thấy rằng cuối cùng Uỷ ban của Fulbright không chịu đưa ra công khai những tài liệu này, Dan Ellsberg đã nghe theo lời khuyên của Norvill Jones, trợ lý của Fulbright, đưa tài liệu cho tờ Times, thông qua Neil Sheehan là người trước đây đã từng được ông tiết lộ nhiều tin tức bí mật. Châu hiểu vì sao Ellsberg trở thành người chống chiến tranh; chính thái độ bi quan của Châu về cách tiến hành chiến tranh đã góp phần làm cho Ellsberg thay đổi thái độ. Trước đó, trong cuộc họp báo cáo hoạt động mười lăm năm qua với các bạn đồng học ở Trường Harvard, Ellsberg đã viết rằng ông rất tự hào là đã phục vụ ở Việt Nam cùng với Lansdale. “Tôi cũng tin tưởng hơn bao giờ hết vào những tư tưởng cơ bản của Lansdale về phát triển chính trị, về sự đua tranh, về tinh thần dân tộc và dân chủ với cộng sản để giành quyền lãnh đạo các lực lượng cách mạng, và về những chiến thuật chống du kích là đúng đắn, thích hợp với Việt Nam và hết sức cần thiết; nhưng không có cái nào được áp dụng, ở bất cứ cấp độ nào. Khi Ellsberg thấy rằng những ý tưởng của Châu và Lansdale không bao giờ được áp dụng thì lúc đầu ông thấy buồn rầu, về sau chuyển sang lập trường phản đối chiến tranh luôn, theo cái cách hăng hái như ông vẫn thường có trong những trường hợp khác.
Sau khi New York Times đăng tải tài liệu của Lầu Năm Góc tháng Sáu năm 1971, Ellsberg được phong trào chống chiến tranh suy tôn như một người anh hùng trong một thời gian. Ông bị truy tố về tội âm mưu lật đổ và vi phạm điều luật về hoạt động gián điệp, cùng với Anthony J.Russo, một nhân viên cũ của Rand, người đã giúp ông sao chép tài liệu; ông đi nói chuyện khắp nơi và trên vô tuyến truyền hình. Nhưng khi người ta được biết rằng ông đã tham gia chiến đấu ở Việt Nam thì một số người trước đây ngưỡng mộ nay đã xa lánh ông. Hơn nữa, Ellsberg còn làm thất vọng một số bạn học cũ của ông, những người giờ đây là đội tiền phong của phong trào chống chiến tranh. Khi họ nói với ông rằng Việt cộng là những “người tốt” thì Ellsberg, trung thành với những gì mình biết, chỉ có thể trả lời, không hẳn như vậy”, thái độ đó của ông thật là khó hiểu đối với anh chị em sinh viên, bởi vì họ nghĩ rằng hoặc là anh chống chiến tranh hay anh không chống chiến tranh, mà anh đã chống chiến tranh thì anh phải cho rằng Việt Cộng là “người tốt”. Và cuối cùng, tiếng tăm của Ellsberg đã diễn tiến theo đường cong như của Lansdale - người ta cho rằng họ thông minh, có thể, nhưng hơi lập dị.
Bản thân Lansdale, sau bao nhiêu năm bập bềnh trôi nổi tìm cách gây ảnh hưởng tới đường lối chính sách của Mỹ ở Việt Nam, cuối cùng đã rơi vào chỗ gần như quên lãng. Ông đã trồi người lên vào lúc Châu đang gặp rắc rối với Thiệu, bằng cách tổ chức một cuộc họp báo kêu gọi Quốc Hội hãy lên tiếng ủng hộ nhà hoạt động chính trị mà ông đã từng đặt bao hy vọng. Nhưng những lời bênh vực Châu của ông đã được người ta tiếp nhận rất lịch sự rồi lờ đi ngay. Rồi ông công bố cuốn hồi ký của mình, cũng không được công chúng chú ý gì mấy. Không bao giở còn ai biết đến những cố gắng của ông để làm thay đổi chiến lược của Mỹ ở Việt Nam và cuốn sách của ông ta đã xuất hiện vào lúc mà cuộc tranh luận về chiến tranh ở Mỹ chỉ tập trung ở mỗi một vấn đề duy nhất: bao giờ và bằng cách nào đề rút khỏi Việt Nam.
Một người ủng hộ Châu mạnh mẽ nữa là John Paul Vann thì đã bị giết trong một chiếc trực thăng rơi ngày 9 tháng Sáu năm 1972. Vann đã chết không phải trong lúc thực hiện một chương trình bình định mà trong một trận tấn công theo lối quy ước của quân chính quy Bắc Việt Nam. Tháng Năm 1971, ông được cử làm cố vấn trưởng của quân khu ở trung phần Việt Nam, được giao những quyền hạn đặc biệt đối với các lực lượng quân sự Mỹ trong vùng, con người dân sự duy nhất trong lịch sử nước Mỹ được phép chỉ huy quân đội, làm cho ông có cấp bậc tương đương với một Trung tướng. Mặc dầu một số bạn bè của Vann đã từng phục vụ và ủng hộ chiến tranh tin rằng Vann đã hoàn toàn bị cuộc chiến tranh Việt Nam cuốn hút đi và đánh mất “la bàn” của mình, Vann lại tin rằng họ đã quá mệt mỏi với sức ép của bao nhiêu năm tháng để cuối cùng lại rơi vào phong trào chống chiến tranh đúng vào lúc cuộc chiến tranh bắt đầu có tiến bộ.
Đầu năm 1973, Châu nghe tin một cuộc ngưng bắn đã được ký kết và tù binh chiến tranh sẽ được phóng thích. Sau khi hiệp định hoà bình được công bố, giám đốc trại giam đã nói với Châu rằng ông không được ở một mình nữa. Ông được chuyển tới một phòng rộng hơn, trong đó giam bốn người Việt Nam bị tố cáo là cộng sản. Trong mấy tháng sau đó, Châu biết rằng trong đó chỉ có một người thực sự là cộng sản, đó là anh của ông, ông Hiền. Ông tìm hiểu vì sao ba người kia lại ghét chính phủ Sài Gòn và thích Mặt Trận Dân Tộc Giải Phóng hơn. Một người là luật sư có nhiều người bạn ở phía bên kia và đã từng tiếp tế thuốc men cho họ. Một người khác là sinh viên, thù ghét chính phủ Sài Gòn vì quân đội Sài Gòn đã giết cha của anh. Châu tranh luận với họ mỗi ngày. Họ nói ông hãy nhìn Thiệu rồi so sánh ông ta với Hồ Chí Minh hay Phạm Văn Đồng mà xem. Châu đáp lại rằng cuộc đấu tranh của ông là chính nghĩa nhưng chẳng may là Nam Việt Nam không có được những người xứng đáng để làm lãnh tụ. Hiền hỏi: “Với những người xấu như thế thì làm sao anh có chính nghĩa được?” Con người thì có thể thay đổi, Châu đáp, nhưng chọn chủ nghĩa cộng sản thì không bao giờ. Họ tranh luận với nhau một cách ôn tồn, biết rằng họ vẫn bị giam chung một gian phòng. Hiền không nói rằng vì sao ông bị bắt mà ông cũng không nói gì về việc ông làm sĩ quan tình báo.
Tới cuối năm 1973, Châu được cho biết là ông và bốn người kia sẽ được trao trả cho phía cộng sản như là những tù binh chiến tranh. Ông được cho biết là ông được phép lựa chọn. Ông có thể viết một bản tuyên bố xin Thiệu phóng thích ông. Một lời tuyên bố như vậy sẽ là một lời xin lỗi đối với chính phủ. Châu từ chối. Ông nói rằng chính phủ phải xin lỗi ông thì có. Một hôm trước khi trời sáng, lính gác mở cửa và mang một tù binh đi. Những người còn lại nghe đài BBC biết rằng người này đã được trao trả cho cộng sản. Cứ ba ngày thì có một người được mang đi cho tới khi Châu còn lại có một mình. Có hai sĩ quan tới nói chuyện với ông. Họ nói rằng Tổng thống không muốn đưa ông cho phía cộng sản, nhưng ông phải viết một lời tuyên bố. Bản tuyên bố này không đưa cho báo chí. Châu quát to lên đuổi họ ra khỏi phòng giam: “Bộ mấy anh tưởng rằng tôi không muốn được phóng thích sau bốn năm rưỡi bị giam cầm sao? Nhưng tôi không ký cái gì cả”
Tới tháng Tám 1974, có hai nhân viên của Tổng thống tới nói rằng Thiệu quyết định trả lại tự do cho Châu, với một điều kiện. Ông không được về nhà, vì Thiệu sợ rằng ông sẽ liên hệ với báo chí và lại sẽ tổ chức cuộc vân động chống chính phủ. Ông được đưa tới một ngôi nhà ở đường Hai Bà Trưng, có sáu cảnh sát đứng gác. Khi gia đình muốn tới thăm thì cảnh sát sẽ đưa tới. Việc đó kéo dài vài tháng, cho tới khi ông được về nhà, chỉ có một cảnh sát đi kèm.
Châu giữ im lặng. Bạn bè có thể liên lạc với ông cho ông biết rằng Thiệu sẽ sớm phải rút lui thôi. Đất nước rã rời từng mảng.