Liên quân xâm lược Pháp - Y Pha Nho đánh chiếm tỉnh thành Vĩnh Long Ngày 5 tháng 3 d.l năm 1862, quân kháng chiến ở miền Tây đốt cháy pháo thuyền số 25 và một đại đội binh sĩ của Pháp trên pháo thuyền đó bị tiêu diệt: 35 chết, 17 trọng thương. Ngày 6 tháng 3 d.l năm 1862, thành Mỹ Tho bị quân kháng chiến tấn kích lần thứ 3; từ 9 đến 12 tháng 3 d.l năm 1862 một phong trào chống đối của quần chúng đã diễn ra tại Cầu An Hạ nhưng đã bị quân Pháp thẳng tay dẹp tắt; ngày 13 tháng 3 d.l năm 1862 quân kháng chiến lại tấn kích thành Mỹ Tho trong khi quân Pháp chuẩn bị tiến đánh thành Vĩnh Long.
Ngày 21 tháng 2 â.l năm Nhâm Tuất, Tự Đức thứ 15, ( 23 thán 3 d.l năm 1862), liên quân Pháp-Y Pha Nho đánh chiếm thành Vĩnh Long. Trước đây, một tuần sau khi Định Tường thất thủ, Pháp cho tàu 5 máy chia nhau đi trên thủy phận sông Vĩnh Long để dò thám và đến thả neo đậu ở bờ sông gần tiền đồn Thanh Mỹ. Quan đầu tỉnh Vĩnh Long là Trương Văn Uyển một mặt phòng bị nghiêm cẩn một mặt chuyển thư sang cho đối phương hạch hỏi lý do vì sao họ cho tàu đi tuần thám gây hấn như thế, để dùng kế hoãn binh. Ngày 20 tháng 3 d.l năm 1862, quân Pháp đưa 2 tàu tuần thám, 9 phóng pháo hạm đến bỏ neo đậu trên sông, gần tiền đồn Vĩnh Tùng, cho hơn 1,000 quân lên bộ đào đắp hào luỹ và công sự chiến đấu.
Liền trong 2 ngày 20 và 21 tháng 2 â.l năm Nhâm Tuất (22 tháng và 23 tháng 3 d.l năm 1862) quân Pháp từ dưới sông, trên bộ đánh phá bắn vào các đồn sở Thanh Mỹ, Vĩnh Tùng. Quân binh triều đình chống cự không được, lần lược bị tan loạn. Tàu chiến Pháp liền tiến thẳng đến bờ sông tỉnh thành Vĩnh Long dùng trọng pháo bắn liên tục vào các điểm phòng thủ ở 2 mặt Đông và Tây. Quân lính trong thành Vĩnh Long bị thương vong nặng nề, số còn lại đều bỏ thành tháo chạy cả. Khi trời vào đêm, quân Pháp tạm ngưng pháo kích. Quan đầu tỉnh Trương Văn Uyển lợi dụng đêm tối phóng lửa đốt các dinh thự, kho tàng, đạn dược rồi bỏ thành tỉnh rút lui quân ra đóng ở đồn bảo Vĩnh Trị.
Ngày 21 â.l năm Nhâm Tuất (23 tháng 3 d.l năm 1862) quân Pháp ung dung tiến vào tỉnh thành không gặp một sức kháng cự nào của quân triều đình rồi tiếp tục truy kích và tiến đến đồn bảo Vĩnh Trị, Trương Văn Uyển lại kéo quân rút lui ra huyện Duy Minh. Tất cả viên chức thuộc quân thứ Vĩnh Long đều bị triều đình trách phạt. Quân Pháp tịch thu được 68 súng óng đủ hạng cỡ, đạn dược và rất nhiều gạo thóc quân lương.
Mặc dù quân chính quy của triều đình Đại Nam đã rút khỏi 2 tỉnh thành Mỹ Tho và Vĩnh Long nhưng các tổ chức kháng chiến cùng một số quân binh của triều đình tại 2 nơi nầy vẫn tiếp tục hoạt động khuấy phá và tấn kích quân Pháp nhất là tại vùng Mỹ Quí ở Mỹ Tho. Sau khi chiếm thành Vĩnh Long, quân Pháp cử đại tá Y Pha Nho Palanca Guithierez dẫn một lộ quân hỗn hợp cùng với thuyền trưởng Desvaux mở chiến dịch bình định vùng Mỹ Quý ở Mỹ Tho rồi theo đường cái quan dẫn quân về Sài Gòn. Các hoạt động đánh phá của kháng chiến vẫn tiếp tục.
Ngày 6 tháng 4 d.l năm 1862, quân kháng chiến đánh vào Chợ Lớn ở vùng Phú Lâm, tiêu diệt một đồn bót của Pháp, đe dọa trại binh của Pháp tại đồn Ô Ma khiến dân chúng Sài Gòn náo động. Quân Pháp lại phải mở chiến dịch tảo thanh quanh vùng Sài Gòn-Chợ Lớn-Cần Giuộc nhưng không thể tiến sâu thêm xuống vùng Gò Công hiện thuộc quyền kiểm soát của lãnh binh Trương Định và quân kháng chiến.
Ở miền Đông, quân Y Pha Nho do đại tá Domenech Diego chỉ huy cũng phải hành quân bình định liên tục các vùng quanh Biên Hòa, Tây Ninh, Trảng Bàng để đẩy lui các nhóm kháng chiến về hướng Tây Bắc.
Tháng 3 â.l năm Nhâm Tuất (1862), có người tên là Nguyễn Thạnh, người huyện Phượng Nhãn nguyên là chánh tổng, tục gọi là Cai tổng Vàng, theo đạo Gia tô tự phong là nguyên soái, suy tôn một nhân vật tự cho là thuộc dòng họ nhà Hậu Lê tên là Huân (Uẩn) lên làm vua rồi hô hào dân chúng ở Bắc Kỳ nổi dậy chống lại chính quyền của nhà Nguyễn ở Quảng Yên. Số người theo Huân hơn ngàn người, xâm đánh phủ hạt Lạng Giang, đốt phá làng mạc, cướp phá mùa màng. Phó lãnh binh Tôn Thất Trụy đem quân tiểu trừ nhưng thất bại. Quân nổi dậy của Huân tiến đánh vào các huyện hạt Yên Dũng, vây hãm tỉnh thành. Thanh thế của Huân càng lúc càng lan rộng, chiếm thành Bắc Ninh, đánh phá các hạt Kinh Môn, Bình Giang, Ninh Giang, quan binh triều đình phải thay phiên nhau đưa quân đánh dẹp không ngơi nghĩ. Ngoài ra còn có giặc thổ phỉ ở các vùng biên Trung Hoa tràn sang cướp phá phủ Vĩnh Tường ở Sơn Tây, ở Thất Khê thuộc Lạng Sơn; tín đồ Gia tô nổi dậy ở hạt Kiến Thụy thuộc Hải Dương và Lạng Giang thuộc Bắc Ninh.
Trước đây khi liên quân xâm lược Pháp-Y Pha Nho đánh Quảng Nam - Đà Nẵng vào năm Tân Dậu (1861), trong số lính tập do Pháp tuyển mộ có Tạ Văn Phụng người miền Bắc, theo đạo Gia tô. Trong khi còn ở trong hàng ngũ của binh đội Pháp, Tạ Văn Phụng đã lén lút man trá loan truyền ra Bắc Kỳ để báo cho khối người theo đạo gia tô biết rằng quân xâm lược Pháp sẽ tiếp tay để họ nổi dậy chống lại quan binh của triều đình ở miền Bắc. Việc loan báo nầy bị người Pháp khám phá và vì sợ bị trách phạt cho nên Tạ Văn Phụng phải bỏ hàng ngũ lính tập để trốn ra Bắc Kỳ rồi mạo nhận là dòng dõi nhà Hậu Lê, tự xưng làm minh chủ, cùng với một giáo sĩ tên là Trường chiêu mộ người nổi dậy ở Quảng Yên, thông đồng với giặc cướp biển tàu ô người Hoa và thổ phỉ trên đất Trung Hoa ở vùng biên giới gây bạo loạn khắp nơi, vây đánh thành Hải Dương, số người hưởng ứng đi theo lên đến hơn 20,000. Vào những tháng dương lịch đầu năm 1862, Tạ Văn Phụng hầu như kiểm soát hết một vùng lãnh thổ rộng lớn phía ở Đông, quan binh triều đình không thể đánh dẹp. Trong lúc thanh thế đang lên, Tạ Văn Phụng đã cho người vào Sài Gòn đề nghị với Bonard tiếp viện và hậu thuẫn để lật đổ nhà Nguyễn và nước Đại Nam của Tạ Văn Phụng sẽ đặt dưới quyền đô hộ của người Pháp. Đề nghị của Phụng không được Bonard nghe theo.
*
Tháng 4 â.l, năm Nhâm Tuất (1862), trong lúc tình hình bất ổn ở Bắc Kỳ không thể giải quyết, Bonard lại sai hạm trưởng tàu chiến Forbin là Simon đến cửa biển Thuận An (đầu tháng 5 d.l năm 1862) để đưa thư liệt kê 3 điều kiện tiên quyết để hòa đàm:
1/ - Trong vòng 3 ngày phải trả trước cho người Pháp 100,000 quan tiền bồi thường chiến tranh tính ra lạng bạc;
2/ - Để cho Pháp đặt người của họ toàn quyền cai quản trên các vùng đất hiện do Pháp tạm chiếm;
3/ - Trong vòng 8 ngày phải cử đại diện để hòa đàm với Pháp.
Phan Thanh Giản, Trần Tiễn Thành đem việc ấy trình lên. Triều đình bàn bạc và phải chịu chấp nhận những đòi hỏi tiên quyết số 1 và số 3 của Pháp. Thuyền trưởng Simon trở về Sài Gòn mang theo 2 điều kiện tiên quyết của Pháp được triều đình Huế chấp nhận. Sau đó Simon trở ra Thuận An. Triều đình Huế cử Phan Thanh Giản và Lâm Duy Hiệp làm chánh, phó sứ toàn quyền đại thần để hội nghị với người Pháp. Khi sắp đi, Tự Đức rót rượu riêng của mình ban cho và dụ rằng đoàn sứ không được nhận điều khoản tự do truyền đạo Gia tô và không được nhượng thêm đất.
Ngày 24 tháng 4 âl (1862) Phan Thanh Giản và Lâm Duy Hiệp đi thuyền Thụy Nhạc uy vệ ra của biển Hội An, qua tàu Forbin gặp Simon trao 100,000 quan tiền trả trước. Sau đó tàu Forbin hộ tống thuyền Thụy Nhạc vào Gia Định.
Ngày 30 tháng 4 â.l (26 tháng 5 d.l năm 1862), đoàn sứ Đại Nam tới Sài Gòn. Cuộc đàm nghị mở ra liên tục cho đến ngày 9 tháng 5 â.l năm Nhâm Tuất (5 tháng 6 d.l năm 1862) thì 2 bên ký định ước. Các điều khoản của định ước nầy phải được triều đình nước Đại Nam và triều đình nước Pháp thông qua trong vòng 1 năm.
Ngày 11 tháng 5 â.l (7 tháng 6 d.l năm 1862), đoàn sứ Đại Nam đi thuyền về, đến Huế vào ngày 14 tháng 6 â.l (10/6 d.l/1862).
*
Xem xong bản định ước 12 khoản, Tự Đức dã quở trách Phan Thanh Giản và Lâm Duy Hiệp và cho rằng 2 viên quan nầy "không những là người có tội với triều đình nhà Nguyễn mà còn mắc tội đối với nghìn muôn đời vậy! " rồi đưa xuống cho đình thần bàn xét.
Sau khi bàn xét đình thần phúc tâu như sau: về khoản cắt đất và trả tiền bồi thường chiến tranh thì Phan Thanh Giản và Lâm Duy Hiệp đã thỏa thuận rồi nhưng phần nhiều chưa hợp. Nhưng vì đây là một bản điều ước mới định, nếu vội sửa đổi ngay, sợ họ còn tức khí, chưa chắc đã nghe theo ngay. Xin đề nghị để 2 viên quan ấy ở gần liên lạc với người Pháp bàn tính để họ châm chước lần lần và cũng là để 2 viên quan đó có dịp chuộc lại lỗi lầm đã nhượng đất và chịu trả quá nhiều tiền bồi thường; đề nghị bắt tội họ vì không chu toàn trách nhiệm được giao phó từ trước. Tự Đức cho rằng nếu bắt tội Phan Thanh Giản và Lâm Duy Hiệp thì không thể tìm được người khác có khả năng như họ để nhận lãnh trách nhiệm hoà nghị và do đó giao cho Phan Thanh Giản lãnh tổng đốc Vĩnh Long, Phan Duy Thiếp (Hiệp) lãnh chức tuần phủ Thuận- Khánh nhưng 2 người vẫn phải tiếp tục trách vụ đàm phán với người Pháp để chuộc tội.
*
"Sự thế khó làm, trẫm đã biết hết rồi.", Tự Đức và nhóm quan đại thần thủ cựu chậm tiến lơ láo nơi triều đình Huế đã biết rõ tình thế không thể cứu vảng được nữa vậy mà vẫn tiếp tục u mê đeo đuổi ý đồ vừa ném đá dấu tay vừa đàm phán hòa bình với quân xâm lược. Quân xâm lược đã thấy rõ được thực lực tồi tệ, chết nhát của quân đội triều đình nhà Nguyễn, họ chiếm lấy thành quách của nước Đại Nam như lấy đồ vật từ trong túi áo, gót chân xâm lược của họ như đi vào chỗ không người, vậy thì cần gì họ phải thương thuyết và nhượng bộ. Việc triều đình Huế bao che và yểm trợ cho nhóm dân quân kháng chiến làm sao có thể qua mắt được quân xâm lược khi mà họ có những người dân bản xứ bị chính quyền Đại Nam bách hại vì vấn đề đạo giáo theo về phía họ để báo cáo, chỉ điểm, cung cấp tin tức những hoạt động ngấm ngầm của nhóm quân kháng chiến được triều đình Huế yểm trợ và bao che. Quân xâm lược cũng biết tương kế tựu kế hoãn binh của triều đình Huế để dưỡng binh và chờ đợi tăng viện để thực hiện thêm những bước tiến quân về các vùng đất mới của Đại Nam. Họ có thiệt hại về nhân mạng trong các trận chiến vừa qua, họ có bị khốn đốn bệnh hoạn do thời khí gây ra nhưng với số lực lượng hiện tại của họ cũng dư sức cầm chưng hoặc đánh bại những nhóm giặc cỏ lẻ tẻ ô hợp, kém trang bị mà sử sách cũ gọi là dân quân kháng chiến miền Nam nổi dậy chống quân xâm lược cầm đầu bởi các quan chức địa phương của triều đình Huế bị bại trận và đang bị quân Pháp truy lùng khắp nơi. Sự hiện hữu của những nhóm kháng chiến rời rạc, không có sự phối hợp, mà quân xâm lược gọi là "đám giặc cướp" chính là cái cớ rất hữu lý để quân xâm lược vinh vào đó hầu chiếm thêm đất đai của nước Đại Nam sớm hơn dưới chiêu bài an ninh tự vệ chính đáng.
*
"không những là người có tội với triều đình nhà Nguyễn mà còn mắc tội đối với nghìn muôn đời vậy !" rồi đưa xuống cho đình thần bàn xét.
*
Như vậy là ông Phan Thanh Giản và ông Lâm Duy Hiệp đã bắt đầu mang tai tiếng, đã bắt đầu bị Tự Đức và nhóm triều thần ngồi mát ăn bát vàng ở Huế quy một trọng tội đối với triều đình và nghiêm trọng hơn nữa là mắc tội đời đời với hậu thế.
Từ trước tới nay người ta không hiểu Tự Đức và mấy ông quan mê ngủ chậm tiến hùa nhau đổ tội cho hai ông Giản và ông Hiệp về tội gì? Tội bán nước cầu vinh? Tội tự ý dâng đất nước cho giặc ngoại xâm? Tội đầu hàng quân xâm luợc một cách vô điều kiện? Tội hèn nhát làm nhục quốc thể vì không dám lớn tiếng tuyên chiến với giặc Tây? Hay là lời kết tội của Tự Đức chỉ là một hình thức cả vú lấp miệng em để khỏi mang tiếng với hậu thế là một ông hoàng đế bất lực vô tài của dòng họ nhà Nguyễn Phúc? Không lẽ Tự Đức và cái triều đình co ro ở Huế không biết được một sự thật hàng cữu là kẻ thua trận không có quyền đòi hỏi hoặc đặt điều kiện với kẻ chiến thắng?
"Rồi đưa xuống đình thần bàn xét", họ bàn xét cái gì? ĐNTLCB ghi vụ bàn xét nầy như sau: "Phúc tấu là: về khoản cắt đất bồi ngân, 2 viên ấy đã làm, phần nhiều chưa hợp. Nhưng điều ước mới định, nếu vội sửa đổi ngay, sợ họ còn tức khí, chưa chắc đã nghe ngay. Xin chuyên trách 2 viên ấy ở gần bàn tính châm chước dần dần để chuộc lỗi trước, hãy đợi khi sai sứ tới hỏi, nhân cơ mà châm chước nghĩ định. Nhưng lại cho là xếp đặt không giỏi. Xin bắt tội. Vua nói: bây giờ há có người hiền tài nào mà đổi hết được du? Bèn cho Thanh Giản lãnh tổng đốc Vĩnh Long, Duy Thiếp (Hiệp) lãnh tuần phủ Thuận - Khánh cùng với tướng nước Phú biện bác để chuộc tội ." (ĐTLCB đã dẫn, trang 305)