Tân Dậu, Tự Đức năm thứ 14 (1861), tháng 6 âl, Tự Đức lặp lại lệnh truyền cho các địa phương phải nghiêm nhặt tách, ghép các tín đồ đạo Gia tô: thích chữ vào mặt, quản thúc cho nghiêm, giam nhốt thật gắt gao những giáo sĩ, nếu người Tây dương tới nơi thì đem đem những kẻ theo đạo ấy giết cho hết. Phủ huyện nào còn dung túng đến nỗi sinh ra việc lo ngại thì nhất định là phải chiếu quân luật trị tội.
Tân Dậu, Tự Đức năm thứ 14 (1861), tháng 7 â.l, cho Đoàn Thọ thăng thụ Trung quân Đô thống sung làm chức phòng hộ sứ ở đồn cửa biển Thuận An.
Từ quân thứ Biên Hòa, Nguyễn Bá Nghi và Trần Đình Túc dâng tập tâu trình tình hình Biên Hòa yếu ớt đơn độc, không thể vừa đánh vừa giữ được, cuộc giảng hòa lại không thành, xin giảm bớt quân thứ và phái người đi cầu viện nước ngoài. Tự Đức trách cứ, cho rằng hai người chưa thi hành nhiệm vụ đúng mức.
Biên Hòa và Vĩnh Long trở thành những căn cứ địa để chiêu mộ dân quân kháng chiến chống Pháp. Ngay cả ở trong các vùng của quân Pháp tạm chiếm cũng có những ổ kháng chiến. Mạnh và nhiều nhất là ở Gò Công.
Tri huyện Toại trước kia cai trị Gò Công, nay chiêu mộ hơn 600 dân phu đồn điền và chiến binh thất trận ở đồn Kỳ Hòa, tổ chức thành một lực lượng kháng chiến chông Pháp. Đêm 21 tháng 6 d.l rạng ngày 22 d.l năm 1861, dân quân kháng chiến dưới quyền của huyện Toại tấn công đồn phòng thủ của Pháp ở Gò Công. Đồn nầy do một sĩ quan hải quân Pháp là Paulin Vial và 27 quân sĩ trú đóng. Kế hoạch tấn công của huyện Toại bị nội gián thông báo trước cho Paulin Vial. Cuộc tấn kích thất bại: quân kháng chiến rút lui để lại chiến trường 14 xác chết trong số nầy có xác của huyện Toại. Phía quân Pháp thì Paulin Vial bị trọng thương và một pháo thủ bị tử trận.
Qua ngày hôm sau, một tổ kháng chiến khác ở Gò Công do Trương Định cầm đầu lại tấn công quân Pháp nhưng bị quân trú phòng của Pháp đẩy lui. Lực lượng kháng chiến của Trương Định gây lo sợ và bối rối cho quân binh Pháp miền Tây: giết chết bá hộ Huy vì Huy được quân Pháp giao cho cai quản một tổng ở huyện Đông Sơn trong tỉnh Gò Công mặc dù bá hộ Huy là bạn thân của Trương Định; truyền rao xử tội những xã trưởng theo và hợp tác với người Pháp.
Ở vùng Mỹ Tho thì có tổ kháng chiến của tri phủ Cậu, của thiên hộ Dương cùng nhiều tổ kháng chiến nhỏ khác, tất cả đã gây khốn đốn không ít cho quân binh đồn trú của Pháp đồng thời các tổ chức kháng chiến cũng là một trở ngại cho việc đàm phán hòa bình của 2 bên bởi vì người Pháp nghi ngờ rằng phía triều đình Đại Nam dụng kế hoãn binh, một mặt không chính thức phản công trực tiếp nhưng lại xúi ngầm và yểm trợ cho các tổ chức kháng chiến đánh phá trong khi vẫn kéo dài cuộc hoà đàm.
Thánh 8 â.l (1861), Thanh Hóa lùng bắt được 2 giáo sĩ ngoại quốc. Quan tỉnh và viên phủ đều được thưởng gia
thăng một cấp.
Tuần phủ Gia Định là Đỗ Quang tấu trình về thành tích đánh phá chống quân Pháp của lực lượng kháng chiến do cựu phó quản cơ Gia Định là Trương Định cầm đầu. Tự Đức cất nhắc cho làm quản cơ rồi lãnh chức phó lãnh binh với số dân quân hơn 6,000 người dưới quyền, chia thành 6 cơ đội.
Tri phủ Phước Tuy Nguyễn Thành Ý và thuộc hạ Phan Trung cũng mộ được 2 cơ cộng chung 4,000 người.
Hai con của vua Cao Miên Nặc Ong Đôn là Ong Bướm, Ong Lan tranh nhau quyền nối nghiệp.
Tháng 10 â.l (1861), án sát sứ Nguyễn Văn Nhã cùng với quân kháng chiến của tri phủ Cậu tấn công quân đồn trú Pháp ở Cái Bè và Cai Lậy: phía Pháp có 50 người bị bắn hạ đa số là lính tập đánh thuê cho Pháp.
Tỉnh Bình Định bắt được một giáo sĩ ngoại quốc tên là Y-ty-Anh (ĐNTLCB; sách đã dẫn, trang 245)
Ở miền Đông, tình hình kháng chiến không mạnh như ở miền Tây. Nhưng quân đồn trú của Pháp ở Thủ Dầu Một luôn phải đưa quân tuần tiểu quanh vùng thường xuyên để đánh dẹp quân kháng chiến. Trong 3 tháng cuối năm d.l 1861, các đồn bót của Pháp ở Thủ Dầu Một bị tấn công mạnh trong những ngày 15, 21 tháng 10 d.l và những ngày 19, 21 tháng 11 d.l và ngày 1 tháng 12 d.l khiến cho 2 sĩ quan, 3 pháo thủ thuyền chiến, hai trợ tá người địa phương bị tử trận và 5 lính tập đánh thuê bị thương. Phía kháng chiến và quân binh có 150 người bị tử trận.
Trong bài viết l Extrait du Journal d un officier détaché à Mỷ Tho (trích Nhật Ký của một sĩ quan công tác ở Mỹ Tho) do tác giả người Pháp M. de Grammont ghi lại tình hình xáo động do dân quân kháng chiến gây ra quanh vùng Mỹ Tho từ 29 tháng 8 d.l năm 1861 đến 30 tháng 11 d.l năm 1861 như sau:
-29 tháng 8 d.l - Đồn Cây Lậy do Chassériau trú đóng bị tổ kháng chiến của đốc phủ Cậu tấn công.
-4 tháng 9 d.l - Đồn Bourdais vùng kinh Bảo Định cách Mỹ Tho 3 dậm bị dân quân kháng chiến tấn công; phó hạm trưởng Mac-Dermott được phái tới để truy kích.
-5 tháng 9 d.l - Chận bắt ghe chở vũ khí cho kháng chiến.
-14 tháng 9 d.l - Pháp hành quân bình định trong vùng tứ giác (có thể là vùng đồng bằng nằm trong vùng tứ giác sông Mê Kong - sông Vàm Cỏ Tây - biển Đông -nước Cao Miên) để truy lùng phủ Cậu.
15 tháng 9 d.l - Phủ Cậu đích thân chỉ huy tấn kích đồn Cây Lậy.
21 tháng 9 d.l - Tàu chiến Norzagaray chở quân tăng viện Tây Ban Nha .
22 tháng 9 d.l - Cánh quân thứ nhì của Pháp do Desvaux chỉ huy bắt đầu hành quân.
23 tháng 9 d.l - Thuyền chiến Soledad (một loại thuyền thuyền buồm nhẹ) đã được đưa xuống hoạt động trong vùng sông Rạch Gầm (Mỹ Tho) từ 15 ngày qua nay lãnh công tác mở đường dẹp bỏ các chướng ngại vật vùng kênh Thuộc Nhiêu.
25 tháng 9 d.l - Tái chiếm Mỹ Quý; cha của Phủ Cậu bị bắn chết.
28 tháng 9 d.l - Cánh quân thứ nhì (do Desvaux chỉ huy) trở về hậu cứ.
29 tháng 9 d.l - Hành quân vùng sông Vàm Cỏ Tây để truy lùng những kẻ sát nhơn thị trưởng tỉnh Gò Công.
14 tháng 10 d.l - Pháo thuyền Gougerad pháo kích đồn Cái Thia (Mỹ Lương - Mỹ Đức).
22 tháng 10 d.l - Truy kích phiến quân vùng rạch Cà Hôn (vùng hạ lưu sông Mỹ Tho).
30 tháng 10 d.l - Đụng trận với quân phiến loạn ở Rạch Gầm: 22 người An Nam bị thương.
3 tháng 11 d.l - Đụng trận với phiến quân phiến loạn ở Rạch Gầm: 14 người An Nam bị thương.
9 tháng 11 d.l - Hành quân tuần thám vùng Mỹ Quý -Phú Mỹ.
14 tháng 11 d.l - Hoạt động phiến loạn lại tái phát ở vùng sông Vàm Cỏ.
15 tháng 11 d.l - Quan lại của triều đình gia tăng thuế ở vùng Mỹ Tho cũ.
17 tháng 11 d.l - Những manh nha lẻ tẻ như cướp bóc nhắm vào ngay cả những người Tây phương, dọc đường phục kích đội trưởng chỉ huy đồn Cây Lậy.
28 và 30 tháng 11 d.l - Nhiều hoạt động khác cùng với các vụ thiêu đốt ở các vùng ngoại vi. (A. Schreiner; sách đã dẫn; trang 215, 216).