Cha François trong cuộc gặp gỡ Đức Khâm sứ cũng không được thoả mãn lắm. Đức Khâm sứ tỏ ra thiếu thiện cảm với chính quyền Ngô Đình Diệm và ngài bị ảnh hưởng sâu xa bởi những dư luận dồn đại về đời sống của bà Nhu cũng như quyền bính của ông Nhu và đức cha Ngô Đình Thục. Khi Cha François sắp cáo từ ra về thì một giáo sư đại học và một Linh mục trẻ cũng vừa đến xin thăm Đức Khâm sứ. Ngài bảo Cha François: “Cha có thể ngồi lại đây… nếu Cha muốn biết rõ tình hình Việt Nam như thế nào thì hai ông khách này có thể giúp Cha nhiều tài liệu xác thực".
Lúc đầu hai vị khách còn dè dặt nhưng sau hai ông bắt đầu nổ máy, công kích chính quyền hết sức mãnh liệt. Cha hỏi: "Tôi vẫn nghĩ rằng chính quyền này có thực thi dân chủ và thực hiện nhiều công việc lớn lao cho Chính phủ".
Vị Linh mục trẻ: "Thưa cha chúng tôi chưa thấy dân chủ ở đâu cả, Quốc hội là Quốc hội bù nhìn, toàn thứ nghị gật do được chỉ định. Quyền hành đều nằm gọn trong tay Tổng thống hay đúng ra là ở trong tay ông bà Nhu".
Vị giáo sư đại học: “Thưa Đức Khâm sứ và Cha, tình hình đến lúc nghiêm trọng lắm rồi. Thiết tưởng Giáo hội không thể đứng ngoài vòng Giáo hội phải lên tiếng". Đức Khâm sứ mỉm cười: “Ông bảo Giáo hội phải lên tiếng như thế nào? Giáo hội không đứng ngoài vòng thì Giáo hội phải làm sao bây giờ?”.
Nếu không có vụ tranh chấp năm 1963 và nói một cách chung thì Phật giáo chưa có một xích mích nào đáng kể đối với chính quyền Ngô Đình Diệm. (Ngoại trừ những xích mích có tính cách địa phương xảy ra tại Bình Định, vào những năm 1960-1961). Trước năm 1963 Phật giáo Việt Nam chỉ là một tập thể bao gồm những cục bộ riêng rẽ. Mà những cục bộ này cũng không được tổ chức chu đáo. Tuy vậy Phật giáo Nam Việt cũng bị ảnh hưởng sâu xa bởi sắc thái địa phương, bối cảnh dịa dư và nhân sự. Do đó, Phật giáo đã thể hiện rõ rệt qua ba "sắc thái sinh hoạt": Phật giáo miền Nam, Phật giáo miền Trung và Phật giáo di cư. Phật giáo miền Nam gồm hội Phật học Nam Việt (Cư sĩ Mai Thọ Truyền và chùa Xá Lợi), Giáo hội tăng gia Việt Nam (Thượng toạ Thích Thiện Hoa chùa Ấn Quang), Phật giáo nguyên thuỷ (nhóm Tiểu thừa chùa Kỳ Viên) và một số hội đoàn lẻ tẻ khác. Phật giáo Campuchia di cư ước độ 200.000 người nhưng không tạo thành một cộng đồng. Phật tử di cư với tư cách cá nhân và bằng phương tiện cá nhân, trong số 200.000 người có khoảng 50.000 người sống rải rác ở các trại định cư. Khoảng 50.000 người sinh sống ở các thị xã. Còn lại 100.000 tín đồ quy tụ tại Sài Gòn. Phật giáo di cư tại Đô thành có thể chia thành hai nhóm, nhóm thuộc chùa Phổ Quang và Nghĩa trang Bắc Việt (Thượng toạ Thích Trí Dũng). Nhóm đa số thuộc chùa Từ Quang (Thượng toạ Thích Tâm Châu).
Riêng Phật giáo miền Trung được coi là một cộng đồng có tổ chức và sinh hoạt từ cấp khuôn hội cho đến trung ương (từ chùa Từ Đàm). Theo thống kê trước năm 1963 Phật giáo (miền Trung )có vào khoảng 400.000 người với một tổ chức thanh niên và hướng đạo Phật tử đáng kể. Sau 1963 cũng theo thống kê thì số Phật giáo miền Trung lên tới 800.000 người.
Tổng Hội Phật giáo Việt Nam do Hoà thượng Thích Tịnh Khiết làm Hội chủ. Trên thực tế, Phật giáo miền Trung mới là chủ lực của Tổng Hội Phật giáo Việt Nam. Hoà thượng Thích Tịnh Khiết là một bậc cao tăng nổi tiếng về đức độ của con người xuất thế tu đạo. Nhưng tước vị Hội chủ chỉ là một danh nghĩa tiêu biểu cho tinh thần thống nhất cao. Quyền hành của Tổng hội Phật giáo Việt Nam vẫn do các Vị Thượng toạ Trí Quang và Thiện Minh, xa hơn nữa là các thượng toạ Trí Thủ và Đôn Hậu cùng một số thượng toạ, Đại đức thuộc khuynh hướng dấn thân tích cực.
Phật giáo miền Nam trước, sau năm 1963 luôn giữ thái độ xuất thế không thân chính quyền Ngô Đình Diệm mà cũng không chống và cũng không hề biểu lộ một thái độ nào có màu sắc chính trị và thời thế.
Cư sĩ Chánh trí Mai Thọ Truyền không có một quan hệ nào đối với chính quyền Ngô Đình Diệm nhưng giữa ông và Phó Tổng thống Thơ lại có nhiều mối tương thân giao hữu.
Ngược lại, Tổng hội Phật giáo miền Trung lại được coi như thân thiện và có những tương giao tốt đẹp với chính quyền Ngô Đình Diệm qua ông Ngô Đình Cẩn, chính ông Cẩn vẫn tự hào và lớn tiếng kể công với các anh là ông đã nắm được Phật giáo miền Trung.
Ông Cẩn thường coi thành tích này như một điều để "bắt bí" mấy ông anh. Bất cứ một hội nghị Phật giáo nào tại ngoại quốc, các Thượng toạ miền Trung phải được ưu tiên. Do đó cũng làm cho giới chức tại Sài Gòn gặp nhiều cảnh "tréo cẳng ngỗng". Theo Lương Khải Minh, vào khoảng năm 1960…Tổng thống Diệm đã chấp thuận một danh sách gồm mấy Thượng toạ và Cư sĩ đi tham dự Hội nghị Phật giáo thế giới. Các vị này đã được thông báo để sửa soạn làm giấy thông hành, bỗng nhiên ông Cẩn cho người đem vào Sài Gòn một danh sách mới và đòi cho bằng được phải để cho mấy vị Thượng toạ miền Trung tham dự và nắm chức trưởng phái đoàn.
Ông Cẩn lấy cớ rằng: "Tổng hội Phật giáo Việt Nam do Hoà thượng Thích Tịnh Khiết làm Hội chủ và trụ sở đặt tại Huế thì Huế mới là trung ương Tổng hội”. Do đó, một Thượng toạ ở Huế phải làm trưởng phái đoàn.
Sự việc này quả khó giải quyết cho nên lại phải trình bày lên ông Diệm. Ông Tổng thống đáp: “Ai đi cũng vậy. Tôi nghe nói mấy ông Thượng toạ này tốt lắm. Chắc là ông cậu ngoại nớ đã biết họ rõ". Có lẽ bắt nguồn từ những việc này nên Phật giáo Sài Gòn vẫn rì rầm là chính quyền không hiểu sao đã ưu đãi các thầy ở Huế. Nhiều kẻ đa nghi lại rỉ tai nhau: "Thày ấy…là người thân của ông Cẩn mà".
Đại uý Bằng, sĩ quan hầu cận của Tổng thống Diệm cũng xác nhận rằng: “Không hiểu một lý do gì mà ông Cẩn lại quá ư ưu đãi và trọng vọng mấy vị Thượng toạ ở chùa Từ Đàm”. Đại uý Bằng nhớ lại: “Cũng vào khoảng năm 1960 khi tháp tùng Tổng thống Diệm về Phú Cam, ông Cẩn đã gọi Bằng lại dặn dò rất kỹ: Mi về Sài Gòn gặp ngay anh Tuyến hỏi xem tuần trước các thầy có mang thơ giới thiệu của tao đến gặp anh ấy không? Mi bảo anh Tuyến lo ngay cái vụ hồ sơ đi xuất ngoại của thầy Trí Quang. " - Một lát sau ông Cẩn nhắc lại lần nữa và bảo Bằng tin ra Huế ngay để ông biết rõ vụ giấy tờ xuất ngoại của mấy thầy đã đi đến đâu.
Khi về Sài Gòn, đại uý Bằng đến tìm bác sĩ Tuyến và nói như vậy. Bác sĩ Tuyến cho biết là hồ sơ đã đưa qua phòng ông Hải rồi: "Có thư của ông Cậu ai mà dám chậm trễ".
Ông Ngô Đình Cẩn tỏ ra rất tự hào về những tương quan thân hữu của ông và Tổng hội Phật giáo tại miền Trung. Do đó, khi nhận được bức công điện cấm treo cờ tôn giáo, ông Cẩn tỏ ra tức giận không ít.
Bức công điện mang số 9195 đề ngày 6-6-1963 cho đến chiều ngày 6, bức công điện mới đến toà đại biểu và tỉnh đường Thừa-Thiên. Văn Phòng Cố vấn chỉ đạo của ông Cẩn vẫn không hay biết một chút nào. Mãi đến sáng ngày 7, người vú già của đại uý Minh đi chợ về, thuật lại: "Ngoài chợ đang xôn xao về việc gì đó. Đồng bào nói rằng Chính phủ cấm không cho Phật giáo treo cờ". Lúc đó Văn phòng Cố vấn chỉ đạo mới rõ và tìm gặp ông Cẩn để trình bày tự sự ông mới hay.
Ông Nguyễn Văn Đẳng, Tỉnh trưởng Thừa-Thiên vào trình bức công điện kể trên. Với sự hiện diện của đại uý Minh, ông Cẩn băn khoăn…
“Sao lại có chuyện lạ như thế”
Đại uý Minh cũng ngần ngại:
- Đồng bào các nơi đã treo cờ hết cả rồi. Bây giờ làm thế nào được.
Ông Đẳng lo ngại:
Thưa nếu thì hành bức công điện này, con thấy lôi thôi lắm.
Ông Cẩn bảo đại uý Minh hỏi Toà đại biểu xem thế nào và yêu cầu xác thực xem bức công điện có phải đúng như thế không? Cầm bức công điện trên tay ông Cẩn vẫn chưa tin là thực. Ông Cẩn nhắc đi nhắc lại "Quyết định cái gì mà lạ lùng vậy”.
Trong thời gian này, ông Ngô Đình Cẩn đang bị thất sủng. Tổng thống Diệm không còn tín nhiệm vào ông em nữa. Trên thực tế, kể từ ngày Đức cha Ngô Đình Thục trở về Huế thì uy tín của ông Cẩn bắt đầu xuống dốc dần…Tổng thống Diệm đã quyết định bãi bỏ Văn phòng cố vấn chỉ đạo từ đầu năm 1963 (cho đến tháng 10-1963 ông Diệm mới dứt khoát bãi bỏ Văn phòng Cố vấn chỉ đạo có nghĩa là ông Cẩn bị loại khỏi chính trường miền Trung).
Bức công điện trên đây ông Cẩn chỉ được biết khi ông Đẳng mang vào. Ông Cẩn bảo Tỉnh trưởng Thừa Thiên:
“Đồng bào người ta treo cờ rồi thì cứ để nguyên như vậy đừng có ra lệnh hạ gì cả". Ông Cẩn lại bảo ông Hồ Đắc Thương, đại biểu Chính phủ Trung Nguyên Trung Phần, đánh điện vào Trung ương xin hoãn thi hành bức công điện "kỳ quái" này.
Một số viên chức có mặt tại nhà ông Cẩn lúc ấy đều đồng ý phải hoãn thi hành lệnh trên và cứ để đồng bào Phật tử treo cờ như mọi năm. Đại uý Minh bàn luận với một số viên chức: "Tại sao không ra lệnh từ trước, mãi đến bây giờ mới ra lệnh. Vụ này kẹt cho tụi mình lắm. Các anh tính sao? "
Ông Cẩn thắc mắc hỏi ông Đẳng và Hoàng Trọng Bá: "Các thày dưới Từ Đàm đã biết chưa?". Thực ra, các thày cũng như một số đông phật tử biết tin từ tối hôm trước.
Tất nhiên là phải có một viên chức nào ở toà tỉnh đã tiết lộ bức công điện trước khi thông báo cho ông Cấn.
Sau một hồi thảo luận, cân nhắc ông Cẩn bảo Tỉnh trưởng Thừa Thiên “Chú cho mấy xe thông tin nó đi. thông báo gấp cho đồng bào hay là không có gì thay đổi. Đồng bào cứ treo cờ như mọi năm".
Ông Cẩn đồng thời căn đặn đại uý Minh cũng như Hồ Đắc Thương, Hoàng Trọng Bá phải thận trọng hết sức và làm thế nào để tránh những chuyện đáng tiếc có thể xảy ra. Mặt khác Văn phòng ông Cẩn cũng chỉ thị cho giới chức cảnh sát thành phố Huế không được hạ cờ của đồng bào.
Nói về ông Ngô Đình Cẩn và Phật giáo, Thượng toạ Mật Nguyệt (thuộc phái Ấn Quang)cho rằng, trong chín năm chế độ Ngô Đình Diệm, không hiểu trong lòng như thế nào nhưng ngoài mặt, ông Cẩn tỏ ra rất thân thiết và tin cậy các thày trong Tổng hội Phật giáo miền Nam tại Huế). Qua bức công điện cấm treo cờ, thái độ của ông Cẩn ngay từ phút đầu là sửng sốt, tức giận. Ông Cẩn than thở với mấy thuộc viên thân cận: “Làm như rứa tao còn mặt mũi nào nói chuyện với người ta" (tức các thầy tại chùa Từ Đàm).
Buổi trưa ngày 7, ông Cẩn trầm ngâm một cách khó hiểu, ông uống một hơi hết ly rượu lễ và cho gọi ông Minh vào để tìm hiểu tình hình và được biết Huế cho đến giờ phút này vẫn không hề xao động.
Cả một thành phố như rừng cờ. Số lượng cờ phật giáo như càng tăng thêm. Vào buổi chiều ông Cẩn nhận được báo cáo cho biết khoảng 8g30 sáng (khi Nguyễn Văn Đẳng vào trình bức công điện)thì lại có mấy cảnh sát viên trong thành nội kéo nhau đi hạ cờ tại mấy nhà đồng bào và đã có sự giằng co xô xát. Sau đó được thu xếp êm ngay. Huế nơi nơi như bừng sống như đang vươn cao trong hương hoa ngào ngạt. Không khí như ngày hội hoa đăng và như tất cả dành riêng cho ngày Phật giáng thế.
Ông Nguyễn Hữu Cang, một trong những nhân chứng trong vụ Phật giáo Huế năm 1963 đã kể với chúng tôi: "Sáng ngày 7 trong giờ đồng bào và các khuôn hội đã xôn xao lắm. Nhất là chúng tôi lại được tin cho biết chính Đức Cha Ngô Đình Thục đã về tận Sài Gòn thúc đẩy ông Ngô Đình Nhu ra lệnh "triệt hạ" Phật giáo. Do đó lại càng khiến mọi giới Phật tử xôn động bất mãn" Nguyễn Hữu Cang cho biết thêm: "Trưa ngày 7, khi được tin chính quyền cho cảnh sát đi hạ cờ và xé cờ Phật tại mấy khuôn hội thì dư luận lại càng thêm sôi nổi phẫn uất. Nhất là giới bạn hàng chợ ĐôngBa. Có thể nói giới bạn hàng này mới là thànhphần đi tiên phong trong vụ tranh đấu kể từ ngày 7 chứ không phải chỉ riềng ngày 8".
Nguyễn Hữu Cang cũng công nhận rằng: Anh có nghe thấy xe thông tin đi loan báo là đồng bào cứ treo cờ như thường lệ. Tuy nhiên lúc bấy giờ bao nhiêu dồn nén trong quần chúng được khởi dậy và chỉ chờ đợi giây phút nổ tung.
Các hội đoàn và quân đội đều nhận được mật lệnh sửa soạn để tranh đấu đòi bình đẳng tôn giáo, đối tượng cho sự đấu tranh như vậy quả là hấp dẫn và dễ dàng lôi được mọi giới Phật tử.
Khoảng 6 giờ chiều, một số công chức tòng sự tại Toà đại biểu không đến Toà hành chính Thừa Thiên và ở đây cũng có một số công chức thuộc tỉnh đường tụ tập bàn tán xôn xao về bức công điện cấm treo cờ, đồng thời cũng có vào khoảng một ngàn đồng bào với một số Thượng toạ, Đại đức kéo đến Toà hành chính để tỏ thái độ trong đó có Thượng toạ Đôn Hậu, Trí Quang.
Không khí lúc ấy đã nhuốm màu tranh đấu. Nguyễn Hữu Cang cũng có mặt trong ngày đó. Ngày nay tuy đã quên nhiều chi tiết nhưng ông vẫn giữ nguyên giây phút ngọn lửa hồng cháy rực. Ông nói: “Khi nghe tin cờ Phật giáo bị xé tôi có cảm tưởng như chính tổ tiên mình bị chính quyền chà đạp. Lúc ấy dù có phải chết cho đạo pháp tôi cũng bằng lòng".
Cang cho biết trong một không khí sôi động như vậy Thượng toạ Trí Quang xuất hiện cùng với mấy Thượng toạ khác như Thượng toạ Trí Thủ, Thượng toạ Thiện Minh. Về phía chính quyền thì có ông Tỉnh trưởng Nguyễn Văn Đẳng, ông Phó Tỉnh trưởng Hành chính, ông Phong Trưởng ty cảnh sát thành phố Huế…Lát sau, Thiếu tá Đặng Sỹ Phó Tỉnh trưởng Hội An lái xe đến. Ông này mới đi hành quân về chiều ngày 6. Khi được cấp báo đồng bào Phật tử đang biểu tình ở tỉnh đường, Thiếu tá Sỹ vội vã lái xe đến.
Lúc ấy Thượng toạ Trí Quang với một vẻ xúc động mạnh, lên tiếng gay gắt phản đối bức công điện cấm treo cờ tôn giáo. Ông Đẳng cho các Thượng toạ biết là chính quyền đã hoãn thi hành bức công điện này và xin các Thượng toạ cứ an tâm. Mọi sự đều như mọi năm không có gì thay đổi.
Tuy vậy, Thượng toạ Trí Quang vẫn giữ vẻ tức giận và lên tiếng phản đối chính quyền Thừa Thiên tại sao sáng ngày 7 đã cho cảnh sát hạ cờ Phật giáo và tại một vài nơi Cảnh sát đã xé cờ.
Ông Đẳng quay sang hỏi ông Phong Trưởng ty Cảnh sát xem sự thể hư thực như thế nào. Ông Phong lên tiếng: “Tôi quả quyết không có chuyện đó”. Ông Phong lại nhấn mạnh thêm: "Tôi quả quyết với các thày là không có chuyện xé cờ". Thiếu tá Sỹ lên tiếng: “Nếu có chuyện xảy ra như vậy xin thày cho biết rõ nơi nào cảnh sát đã xé cờ, tôi sẽ cho điều tra và trừng trị ngay”.
Ông Phong lại nói một lần nữa quả quyết là không có chuyện như vậy. Ông Phong xin Thượng toạ Trí Quang nêu lên một vài chứng cớ. Thượng toạ Trí Quang đáp: “Tôi nghe đồng bào Phật tử nói như vậy".
Ông Phong lại thỉnh cầu: "Xin Thày cho biết rõ nơi xảy ra chuyện xé cờ thuộc về khuôn hội nào, khu phố nào để chúng tôi mở cuộc điều tra ngay".
Thượng toạ Trí Quang lắc đầu không tiết lộ và nói đại ý: “Tôi không thể cho các ông biết rõ được. Tôi cho các ông biết rõ để rồi cảnh sát đến làm phiền đồng bào Phật tử rồi tính sao đây?".
Cuối cùng Thượng toạ Trí Quang tỏ vẻ lo ngại: "Hiện nay chúng tôi rất hoang mang không hiểu chính quyền đàn áp chúng tôi đến khi nào?".
Ông Nguyễn Văn Đẳng vẫn "xuống nước" thỉnh cầu các thượng toạ yên tâm trở về chùa và ngày mai mọi sự sẽ tiến hành tốt đẹp như mọi năm. Thượng toạ Trí Quang vẫn lo ngại: “Mai này đồng bào Phật tử sẽ tổ chúc rước kiệu, chúng tôi đã sửa soạn đâu đấy cả rồi chúng tôi rất hoang mang”.
Hai bên chính quyền và các Thượng toạ cứ vòng vo bàn cãi, cuối cùng chính quyền Thừa Thiên phải nhượng bộ bằng cách gọi điện thoại ngay cho ông Trừ Trưởng ty Thông tin cho ba xe có máy phóng thanh đến toà tỉnh. Ông Nguyễn Văn Đẳng đề nghị các Thượng toạ cho các cán bộ Phật tử của mình đi theo xe và chính các cán bộ này sẽ chia nhau đi khắp các khu phố để loan báo cho đồng bào rõ ngày 8-5 sẽ không có gì thay đổi, đồng bào cứ đi hành lễ như chương trình của Giáo hội đã ấn định. Kết quả các thượng toạ cũng bằng lòng như vậy. Khoảng 9 giờ đêm đám đông mới giải tán và mọi chuyện tưởng chừng đã được giải quyết tạm thời êm đẹp. Ba xe thông tin chia nhau đi vào các khu phố để làm phận sự như chính quyền và các thượng toạ đã thoả thuận.
Theo Nguyễn Hữu Cang đêm mùng 7 là một đêm không ngủ. Cang cũng như một số Phật tử khác thừa hành lệnh trên đi kẻ biểu ngữ và quay ronêo những bản văn đòi chính quyền thực thi quyền bình đẳng tôn giáo.
Giới an ninh quân đội Khu XI Chiến thuật đã "cảm thấy" những hiện tượng đáng lo ngại. Có lẽ vì vậy đêm mùng 7, đại tá Đỗ Cao Trí ra lệnh cấm trại.
Không một ai ngờ được rằng chỉ một ngày sau Huế nổ tung mở đầu cho một biến chuyển lịch sử.
Sau cuộc thoả thuận với các Thượng toạ tại toà Hành chính Thừa Thiên ông Cẩn không còn gì băn khoăn, ông dặn dò mấy người thân cận: “Các Thày đòi hỏi như thế cũng là phải. Ngày lễ của người ta. Nếu có gì quá đáng thì bọn bay tìm ông Nghiêm, không có gì thì cho gọi Lê Trọng Quát hoặc tìm Hà Thúc Luyện". Ngay đêm đó, ông Cẩn đã nhận được báo cáo là mọi chuyện đã được giải quyết êm đẹp. Ông Cẩn tin tưởng sẽ không còn chuyện gì xảy ra nữa vì ông vẫn tin cẩn là được các thày chùa Từ Đàm trọng nể và tin ông. Hơn nữa, những người ruột của ông Cẩn lại là những Phật tử có nhiều tương quan mật thiết với các thày như Thiếu tướng Lê Văn Nghiêm, có họ hàng gần với Hoà thượng Hội chủ Thích Tịnh Khiết, ông Lê Trọng Quát lại là một Phật tử quy y nơi Thượng toạ Đôn Hậu, ông Hà Thúc Luyện vốn từ xưa đóng vai trò giao liên giữa ông Cẩn và mấy thày. Đó là sự tự hào và tin tưởng chủ quan của ông Cẩn. Trong khi đó bức công điện cấm treo cờ trở nên một đối tượng khích động quần chúng. Nguồn tin cảnh sát xé cờ lại là những yếu tố ngoại quan đập mạnh vào lòng hiếu động của quần chúng.