Lịch sử Việt nam từ khi lập quốc đã luôn luôn có những quan hệ thăng trầm với Trung hoa. Văn minh Trung hoa đã ảnh hường nhiều đến dân tộc Việt nam trong cả thời kỳ bị đô hộ hay thời kỳ độc lập. Do đó, người Việt nam đã biết nhiều về văn hoá cũng như lịch sử của Trung hoa, nhưng đã rất mù mờ về hai quốc gia lân bang khác ở phía tây là Lào và Campuchia, chỉ vì hai quốc gia này đã không gây nhiều ảnh hưởng đến an ninh lãnh thổ cũng như nếp sống văn hoá xã hội của Việt nam.
Một trong những nguyên nhân sâu xa đưa đến cuộc chiến tranh Đông dương thứ ba hay cuộc chiến tranh hậu chiến là mối thù hận lâu đời của người Campuchia đối với người Việt Mối thù hận này, ít có người Việt nào để ý đến nhiều, mặc dù đã kéo dài suất trong lịch sử mấy trăm năm nay, kể từ khi Việt nam đã thôn tính xong nước Chiêm Thành, và trở nên một lân quốc của Campuchia.
Cũng như lịch sử Việt nam, nguồn gốc lập quốc của Campuchia rất mơ hồ. Người ta chỉ biết tại vùng đất trước kia từng thuộc Campuchia đã có người sinh sống từ hai ngàn năm trước Tây lịch. Quốc gia đầu tiên được biết đến ở phần đất này là Phù Nam, khi thứ sử Giao Châu là Sĩ Nhiếp năm 220 báo cáo về triều đình Đông Hán là đất Giao Châu (Việt nam hồi đó) bị quân Lâm ấp (sau là Chiêm Thành) và Phù Nam quấy nhiễu. Năm 245, vua Tàu nhà Hán có gửi một sứ bộ đến Phù Nam. Một trong những sứ giả là Khang Thái, khi về nước đã viết về quốc gia này. Theo ông, người sáng lập ra vương quốc là vua Kaundinya. Ông đến từ Ấn độ, đánh bại nữ hoàng Liệu Yeh rồi kết hôn với bà này. Tuy nhiên, cũng như người Việt từng tự hào là con rồng cháu tiên, người Khmer cũng huyền thoại hoá lịch sử của họ. Trên một bia dá tìm thấy ở Phú Yên, có khắc một chuyện thần tiên, trong đó kể lại vua Kaundinya có một cây thương thần và đã kết hôn với con gái của thần rắn Nga. Do đó mà về sau, thần rắn trở nên một biểu tượng cho nguồn gốc thần thánh của dân tộc Campuchia.
Đế quốc Phù Nam, cũng như tất cả những đế quốc khác, sau một thời gian hưng thịnh, rồi cũng bị sụp đổ vào thế kỷ thứ sáu do cuộc nổi loạn của một quốc gia chư hầu là Chân Lạp. Theo sử nhà Tuỳ, Chân Lạp là một nước nhỏ ở phía tây nam Lâm ấp (vùng rừng núi Ratakini ở phía tây của Kontum và Pleiku) và dân tộc Chân Lạp cũng thuộc giống dân Khmer. Sau khi tiêu diệt triều đình Phù Nam, vương quốc Chân Lạp luôn luôn có nội chiến, và đến năm 706 thì lãnh thổ bị chia làm hai nước: Thượng hay Thổ Chân Lạp, và Hạ hay Thuỷ Chân Lạp.
Năm 802, vua Jayavarman II, một vị vua sáng suốt của Thổ Chân Lạp lên ngôi. Ông thống nhất hai nước, củng cố hành chánh, đổi tên nước là Kambuja, tên nguyên thuỷ của Campuchia, dời đô về Angkor, mở đầu một kỷ nguyên vàng son. Những vị vua kế nghiệp ông đã xây thêm nhiều đền đài lăng tẩm, nhất là cha con vua Indravarman (877- 900) đã phát triển hệ thống dẫn thuỷ nhập điền, đào những con kinh rộng hơn cây số, những hồ chứa nước, mở ra một cuộc “cách mạng xanh” khiến cho đất đai Campuchia có thể sản xuất lương thực dồi dào cho suốt mấy trăm năm. Một vị vua nổi tiếng khác, vua Suryavarman II (1113- 1150) đã bành trướng đất đai đến bán đảo Malaysia, đánh phá Chiêm Thành, và xây dựng ngôi đền Đế thích Angkor Wat, một công trình kiến trúc nổi tiếng nhất Đông Nam Á. Sau khi vua Suryavarman II băng hà, thành Angkor bị người Chiêm Thành tấn công, và vua Jayavarman VII sau đó lên ngôi. Ông có lẽ là vị vua nổi tiếng nhất trong lịch sử Campuchia. Ông hưng binh phục hận và chinh phục Chiêm Thành, biến nước này thành chư hầu, mở rộng lãnh thổ. Đồng thời ông đào thêm kinh rạch, xây dựng Đế Thiên Angkor Thom và đền Bayon, cùng hơn một trăm ngôi nhà nghỉ mát. Nhưng những chiến công của ông và những công trình vĩ đại đó đã phải trả một giá rất đắt. Dân chúng phải làm việc như nô lệ để xây dựng và trùng tu cung điện, đền đài. Trai tráng bị cưỡng bách tòng quân chinh chiến liên miên. Tài nguyên quốc gia bị kiệt quệ, và ngay sau khi vua Jayavarman VII qua đời, những gì ông thực hiện được hoàn toàn tan rã.Tuy nhiên, những công trình xây dựng và những chiến công hiển hách của ông đã trở nên niềm hứng khởi cũng như mối ám ảnh cho đường lối cai trị cuồng điên của những lãnh tụ Khmer Đỏ sau này.
Sau khi vua Jayavarman VII qua đời (năm 1228), triều đại Angkor bắt đầu suy tàn, khởi đầu là nước Chiêm Thành thâu hồi độc lập. Từ đó, người Chiêm Thành và người Thái liên tiếp tấn công thủ đô, triều đình phải di chuyển về Phnom Penh (1434), rồi Lovek (15161. Đế Thiên Đế Thích bị bỏ hoang. Năm 1594, quân đội Thái tấn công chiếm được kinh thành Lovek. Họ đô hộ cả quốc gia, tịch thu và cướp bóc của cải, bắt đem về Thái lan hàng chục ngàn thợ giỏi, trí thức, nghệ sĩ, tăng sĩ. Dù cho về sau, dân Campuchia đã nổi dậy đánh đuổi được quân Thái lan, nhưng cũng kể từ lúc đó, người Campuchia không còn năng lực sản xuất được những công trình mỹ thuật và kiến trúc vĩ đại như xưa, Quốc gia Campuchia không bao giờ hồi phục lại phong độ cũ
Cũng trong giai đoạn suy tàn đó, vào thế kỷ thứ mười bảy, Việt nam đã thôn tính xong quốc gia Chiêm Thành và trở nên một lân quốc trực tiếp của Campuchia.Bị nằm kẹt giữa hai quốc gia hùng mạnh đang phát triển, Campuchia chỉ có một cách duy nhất để sống còn là hoặc thần phục Thái lan, hoặc thần phục Việt nam, có khi đồng thời thần phục cả hai nước. Nhưng vì nhu cầu bành trướng lãnh thổ của Việt nam, và vì nội bộ triều đình Campuchia luôn luôn lủng củng, lãnh thổ quốc gia Campuchia dần dần bị thu hẹp. Tới thế kỷ thứ mười chín thì Việt nam đã chiếm hết lãnh thổ Thuỷ Chân Lạp cũ, và nếu người Pháp không can thiệp vào Đông dương, có lẽ quốc gia Campuchia đã biến mất.
Người Pháp bắt đầu can thiệp vào nội tình Đông dương vào thế kỷ thứ mười chín. Lúc đó người Anh đã chiếm được Ấn độ, Malaysia và người Pháp đang cần một đầu cầu để đi vào thị trường rộng lớn Nam Trung hoa. Trong thời gian đó, Nhật bản có Minh Trị Thiên Hoàng, Thái lan có vua Mongkut có đầu óc canh tân, thì những vị vua triều Nguyễn đã vụng về thi hành chính sách bế quan toả cảng và đàn áp đạo Thiên Chúa, khiến cho người Pháp có cớ để tấn công Việt nam. Từ năm 1851, sau khi vua Tự Đức ký dụ cấm đạo, các tướng Pháp Grenouilly, Charner liên tiếp bắn phá Đà Nẵng và rồi Bonard, De Lagrandière lần lượt chiếm hết sáu tỉnh Nam Kỳ làm thuộc địa. Tiếp theo, người Pháp bắt đầu dòm ngó Campuchia. Tháng 9.1862, Bonard đích thân sang thăm vua Norodom (Nặc Ông Chân), yêu cầu nhà vua nhận cho Pháp bảo hộ. Nhà vua còn trù trừ thì năm sau, Lagrandière sợ nếu để trì hoãn lâu thì Thái lan sẽ nhảy vào tranh giành ảnh hưởng nên đã đích thân lên Phnom Penh gặp Norodom, ép nhà vua ký hiệp ước bảo hộ vào tháng 7-1863.
Mới đầu, người Pháp chiếm sáu tỉnh Nam Kỳ và Campuchia với mục đích tìm đường đi đến Nam Trung hoa. Một phái đoàn thám hiểm ngược dòng sông Cửu Long được thành lập, do De Lagrée làm trưởng phái đoàn, Francis Garnier phụ tá. De Lagrée bị chết trong chuyến thám hiểm, còn Garnier đến được Vân Nam. Phái đoàn nhận thấy không thể dùng tàu bè ngược sông Cửu Long để lên Vân Nam, nhưng tại Vân Nam, Garnier gặp Jean Dupuis (Đồ Phổ Nghĩa), một thương gia, Jean Dupuis xúi Garnier yêu cầu Thống Đốc Nam Kỳ Duprée can thiệp để Dupuis có thể dùng sông Hồng Hà để sang Vân Nam buôn bán. Garnier được cử đem quân ra Hà nội dàn xếp, và sau mấy ngày thương thuyết không xong, Garnier tấn công và lấy được thành Hà nội. Tổng đốc Hoàng Diệu tự tử, Garnier sau đó cũng bị quân Cờ Đen phục kích giết chết.
Thấy không sử dụng được sông Cửu Long, người Pháp tìm cách khai thác những mối lợi khác. Năm 1884, họ đòi vua Norodom phải ký thoả ước để người Pháp được nắm toàn quyền về hành chánh, tư pháp, tài chánh, thương mại và thu tất cả mọi thứ thuế. Vua Norodom từ chối, Lagrandière tự đem tàu chiến lên Phnom Penh, vào tận hoàng cung, ép vua Norodom phải ký.
Tự ái dân tộc bị tổn thương, nhân dân Campuchia nổi loạn dưới sự lãnh đạo của hoàng thân Si Vatha. Người Pháp phải đánh dẹp hai năm mới yên. Vua Norodom chết năm 1904, em của ông là Sisowath nối ngôi, trị vì đến năm 1927 thì con là Monivong nối nghiệp. Nhưng khi Monivong mất năm 1941 thì toàn quyền Decoux lại chọn Sihanouk là chắt của vua Norodom lên ngôi vua, chỉ vì lúc đó ông ta còn trẻ và người Pháp nghĩ là ham chơi, thiếu kinh nghiệm.
Nước Campuchia, dưới sự bảo hộ của Pháp, có được một thời kỳ tương đối yên tĩnh, và họ cũng may mắn không bị liên quan nhiều đến thế chiến thứ hai. Tuy rằng mối quan tâm chính của người Pháp là bóc lột tài nguyên và nhân lực của dân bản xứ, nhưng họ đã bảo vệ được sự toàn vẹn lãnh thổ của Campuchia và đã làm được vài công trình có lợi ích. Trước hết là sự phát hiện và trùng tu những lăng tẩm Đế Thiên Đế Thích, làm sống lại một thời đại vàng son rực rỡ của quốc gia Campuchia khơi dậy niềm tự hào dân tộc. thứ hai là họ đã canh tân hệ thống giáo dục, mở mang dân trí, trong đó có sự thành lập hai cơ sở chính là Viện nghiên cứu Phật học và trường trung học Sisowath. Hai cơ sở này đã là nơi đào tạo ra những lãnh tụ tương lai của Campuchia.
Viện nghiên cứu Phật học Phnom Penh được thành lập năm 1930, với sư giúp đỡ của một học giả người Tháp bà Suzanne Karpelès, một nhân viên thuộc Viện Viễn Đông Bác Cổ Hà nội. Viện chủ trương phát huy những tinh tuý của Phật Giáo tiểu thừa gạt bỏ những lễ nghi mê tín, đồng thời làm sống lại niềm kiêu hãnh và khát vọng của nhân dân Campuchia. Trong một xứ không có giai cấp sĩ phu hay quan lại và Phật Giáo được coi gần như là quốc giáo, tầng lớp sư sãi đã có một uy tín và ảnh hưởng rất lớn. Họ sống khổ hạnh, đạo đức. Họ nuôi cô nhi, làm việc thiện, dạy dỗ trẻ con. Người Campuchia khắp nơi đổ về học, nhất là những người Khmer Hạ từ vùng đồng bằng Cửu long trước kia là Thuỷ Chân Lạp nay đã thuộc Việt nam. Trong công cuộc phục hưng văn hoá cổ truyền, Viện Phật học đã gián tiếp phát huy tinh thần quốc gia chóng thực dân và bài Việt nam.
Một cơ sở giáo dục khác, trường trung học Sisowath, được coi như nơi tập trung những tinh hoa của giới học sinh. Qua hội ái hữu cựu học sinh, họ đã qui tụ được một nhóm trí thức sau này trở nên những lãnh tụ chính trị, mà tư tưởng cũng như khuynh hướng chính trị dù rất khác nhau của họ đã có ảnh hưởng quan trọng đến vận mạng của dân tộc Campuchia suốt mấy chục năm qua.
Người lãnh tụ quốc gia đầu tiên của Campuchia trong giai đoạn này là ông Sơn Ngọc Thành. Theo ông hoàng Sihanouk, ông Sơn Ngọc Thành là anh em của Sơn Ngọc Minh, lãnh tụ đầu tiên của phong trào cộng sản Campuchia, và Sơn Thái Nguyên, cựu nghị sĩ Quốc hội Việt nam cộng hoà - nhưng chi tiết này có lẽ không xác thực, vì ông hoàng Sihanouk đã rất ganh ghét Sơn Ngọc Thành - Sơn Ngọc Thành là một người Khmer Hạ, sinh trưởng ở vùng đồng bằng Cửu Long, học hết trung học ở Việt nam, sau đó sang Pháp học Luật, và mấy năm sau, dù chưa tốt nghiệp, ông trở về Phnom Penh. Với trình độ học vấn của ông lúc đó, ông trở nên một nhân vật quan trọng trong Viện Phật Học và là một gạch nối quan trọng giữa tầng lớp sư sãi và nhóm tri thức cựu học sinh Sisowath. Nhóm trí thức này phần lớn có địa vị, có khả năng tài chánh, có kiến thức chính trị, trong khi tầng lớp sư sãi lại có uy tín và tổ chức sâu rộng trong quần chúng. Năm 1936, Sơn Ngọc Thành xuất bản tờ báo Nagaravatta. Dưới danh nghĩa truyền bá Phật Giáo và bảo tồn văn hoá, tờ báo kêu gọi đấu tranh giành độc lập. Tờ báo cũng cực lực công kích sự ưu đãi của người Pháp dành cho người Việt khi họ dùng người Việt trong những chức vụ hành chánh ở Campuchia.
Mấy năm sau, thế chiến thứ hai bùng nổ, quân Nhật tiến vào Campuchia, nhưng vẫn để người Pháp duy trì bộ máy hành chánh. Lo sợ trước cao trào đấu tranh của dân bản xứ, năm 1942, người Pháp đóng cửa tờ báo Nagaravatta, bắt giữ lãnh tụ Phật Giáo Hem Cheav. Nhà sư này sau đó chết trong tù tại Côn Đảo.
Việc bắt giữ cao tăng Hem Cheav đã gây phẫn nộ trong dân chúng Campuchia. Ngày 20-7-1942, Sơn Ngọc Thành tổ chức một cuộc biểu tình lớn đòi Pháp phải thả hết tù chính trị và trao trả quyền tự quyết cho dân tộc Campuchia.Cuộc biểu tình bị người Pháp dẹp tan và người Nhật không can thiệp. Sơn Ngọc Thành phải trốn sang Nhật. Mấy năm sau, quân Nhật đảo chánh quân Pháp, ép ông hoàng Sihanouk thành lập một chính phủ thân Nhật, ra tuyên ngôn độc lập trong khối Thịnh vượng Đại Đông Á. Sơn Ngọc Thành về nước làm Bộ trưởng ngoại giao. Mấy tháng sau, Nhật đầu hàng Đồng Minh, và ngày 9-8-1945, Sơn Ngọc Thành đảo chánh tự đứng lên làm Thủ tướng.
Lúc đó, tại châu Âu, Đức Quốc Xã đã đầu hàng chính phủ De Gaulle không che giấu ý định trở lại Đông dương. Để cứu vãn tình thế, Sơn Ngọc Thành mới thoả hiệp với Việt Minh để thành lập một mặt trận chung chống Pháp, nhưng viên Bộ trưởng quốc phòng của ông đã phản bội, trốn xuống Sài gòn, báo cho Pháp biết kế hoạch. Ngày 10-10-1945, liên quân Anh Pháp Ấn tiến vào Phnom Penh bắt giam Sơn Ngọc Thành, tái lập chế độ thuộc địa và cho Sihanouk trở lại làm vua. Sơn Ngọc Thành bị kết án hai mươi năm khổ sai, đầy sang Vence rồi Poitiers. Ông được thả năm 1950, nhưng uy tín ông cũng lu mờ dần. Sau giai đoạn hỗn loạn đó, hai phong trào giải phóng quốc gia được thành lập. Ở phía tây, là phong trào Khmer Issarak, được chính quyền Thái lan dung túng và giúp đỡ. Đây là phong trào gồm nhiều thành phần, bảo hoàng có, phe Sơn Ngọc Thành có, tả phái có, kết hợp lại cùng chung mục đích là đánh đuổi thực dân Pháp. Ở phía đông, một lãnh tụ Phật Giáo, nhà sư Achar Man, đã gia nhập đảng cộng sản Đông dương khi bị tù ở Côn Đảo cùng với các tù nhân cộng sản Việt nam, trở nên lãnh tụ đầu tiên của phong trào cộng sản Campuchia với bí danh Sơn Ngọc Minh (kết hợp hai tên Hồ Chí Minh và Sơn Ngọc Thành). Tuy thế, hai phong trào này vẫn còn yếu ớt, cho nên trong chiến tranh Đông dương thứ nhất, tình hình chiến sự Campuchia tương đối yên tĩnh. Khi chiến tranh chấm dứt, hai phong trào này gần như tan rã.
Tại hội nghị Genève năm 1954, các lãnh tụ cộng sản Việt nam, Trung hoa, Liên xô đã không đếm xỉa gì tới cộng sản Campuchia. Việt nam được nửa quốc gia phía bắc, cộng sản Lào được hai tỉnh Sầm Nứa và Phong Saly. Riêng cộng sản Campuchia một số phải lui vào bóng tối, một số khác giả làm bộ đội Việt nam theo tàu Ba lan đi Hà nội. Một mình ông hoàng Sihanouk là có quyền tuyên bố đã giành được độc lập và toàn vẹn lãnh thổ một cách hoà bình. Đối với đa số dân Campuchia, ông trở nên một anh hùng giải phóng dân tộc. Nhưng dù khôn khéo đến đâu, ông cũng không thể giữ cho quốc gia Campuchia đứng ngoài vòng tranh chấp của cuộc chiến tranh Đông dương thứ hai và vận mạng không may của dân tộc Campuchia đã phải trải qua từ thảm trạng này sang đến thảm trạng khác, đúng như lời tiên đoán của ông nội ông:Sẽ có ngày dân Campuchia sẽ phải chọn lựa, hoặc bị tiêu diệt bởi con cọp, hay bị nuốt bởi con cá sấu. Xét bề ngoài, Campuchia có một thời gian hoà bình từ 1954 đến 1970. Trong khi trận chiến Đông dương thứ hai diễn ra ở Việt nam kéo dài gần hai mươi năm, thì nội chiến Campuchia chỉ thực sự bùng nổ dữ dội từ 1970 đến 1975. Nhưng trong khoảng thời gian này, những diễn biến chính trị nội bộ cùng nhưng biến chuyển ở Việt nam đã đưa đến sự phát triển của phong trào cộng sản Campuchia, lần này được lãnh đạo bởi những tay lãnh đạo mới, có khả năng hơn (tương đối có học nhất trong những lãnh tụ cộng sản châu Á), và cuồng tín hơn. Vì thế, dù cuộc nội chiến chỉ xảy ra trong năm năm nó đã gây ra những tổn hại nhân mạng, kinh tế và xã hội nghiêm trọng.
Nhân vật chính trị nổi bật nhất trong giai đoạn này vẫn là ông hoàng Sihanouk. Ông là một người đa dạng. Tuỳ theo cách nhìn của mỗi người ông ta có thể là một ông vua bình dân, một nhà độc tài, một chính trị gia khôn khéo, một kẻ cơ hội, một nhà soạn nhạc dở hay một diễn viên điện ảnh tồi, ông đã từng cộng tác với Pháp, với Nhật nhưng vẫn tự nhận là anh hùng dân tộc. Khi thấy cộng sản mạnh, ông đi đôi với Trung quốc rồi Việt cộng. Sau 1968, Việt cộng bị yếu đi, ông tìm cách trở lại kết thân với Mỹ. Sau khi bị đảo chánh, ông theo Khmer Đỏ. Thoát được ra ngoài, ông đả kích họ kịch liệt. Tuy ông không phải là một nhà lãnh đạo nhìn xa trông rộng, nhưng trong cái hoàn cảnh chênh vênh của nước ông ở bên cạnh một quốc gia mà tình hình luôn luôn sôi động như Việt nam, sự khôn khéo và đường lối chính trị đu dây của ông đã giúp ông lúc nào cũng là một trong những nhân vật chính trong mọi hoàn cảnh.
Sau năm 1954, theo hiến pháp, Campuchia phải bầu cử quốc hội. Sợ rằng các đảng đối lập có thể thắng cử và lập chính phủ, Sihanouk đang làm vua tự ý thoái vị, nhường ngôi cho cha, rồi dùng uy tín cá nhân của mình kết hợp những đảng phái ôn hoà và hữu phái lại thành một đảng, lấy tên là Cộng đồng nhân dân xã hội (Sangkum Reasts Niyum). Cùng ra tranh cử trong thời gian đó là những đảng viên của đảng Độc lập (phe Sơn Ngọc Thành), đảng Nhân dân (của Keo Meas, cộng sản trá hình), đảng Dân chủ (Thioun Mumm, cũng cộng sản). Nhờ uy tín cá nhân của Sihanouk, cũng như nhờ gian lận và đàn áp, đảng Sangkum của Sihanouk chiếm được tất cả các ghế trong quốc hội, nhưng ông ta vẫn không nương tay với các chính khách đối lập, nhất là các cán bộ cộng sản. Chủ bút tờ báo cộng sản Cờ Giải Phóng Pracheachon bị đánh đập, hành hung rồi chết vì vết thương hai ngày sau đó. Thioun Mumm phải trốn về Pháp, Keo Meas trốn sang Bắc Việt. Phong trào cộng sản Campuchia càng suy đồi hơn vào năm 1959, khi lãnh tụ cộng sản số hai phụ trách nông thôn là Siêu Hung về hồi chánh, chỉ điểm cho mật vụ của Sihanouk bắt bớ, phá hoại hết những cơ sở cộng sản ở nông thôn.
Thời gian đó, các trí thức tả phái Khieu Samphan, Hou Youn đã tốt nghiệp bên Pháp trở về dạy đại học và hoạt động cộng sản nằm vùng. Trong khi đàn áp và tiêu diệt những tên cộng sản “xấu” ở trong nước, thì Sihanouk lại kết thân với những chính quyền cộng sản “tốt” ở ngoài. Ông tuyên bố theo đường lối trung lập không liên kết và gia nhập khối Á Phi. Đường lối này rất phù hợp với Trung hoa, không muốn thấy Hoa kỳ có căn cứ hay ảnh hưởng ở biên giới phía nam, và với Bắc Việt, vì Sihanouk đã làm ngơ để cho Việt nam dùng đất Campuchia làm đường mòn tiếp vận và mật khu an toàn. Khôn ngoan hơn nữa, năm 1962, ông mời những trí thức tả phái tham gia chính phủ. Hu Nim được cử làm phụ tá chủ bút báo đảng Sangkum, Samphan làm Bộ trưởng Thương mại và Hou Youn Bộ trưởng Kế hoạch. Mấy người này mới làm được một vài cải cách nhỏ thì năm sau, 1963, song song với những cuộc biểu tình của sinh viên và Phật tử ở Việt nam, sinh viên học sinh ở tỉnh Siem Reap cũng biểu tình phản đối cảnh sát Campuchia tham nhũng và có những hành vi đàn áp hung bạo. Họ cũng phản đối luôn cả Sihanouk. Đây là một biến cố tự phát, nhưng là lần đầu tiên ở Campuchia có biểu tình phản đối chính phủ. Sihanouk nghi ngờ phe tả xúi dục, buộc Khieu Samphan, Hou Youn, Hu Nim phải từ chức. Còn Saloth Sar bị săn đuổi phải trốn vào rừng.
Tuy đàn áp tả phái trong nước, Sihanouk vẫn tiếp tục chính sách đối nội và đối ngoại lưng chừng. Để Trung hoa và cộng sản Bắc Việt không viện trợ cho cộng sản Campuchia, ông quốc hữu hoá nhũng ngành sản xuất, ngưng nhận viện trợ Mỹ, và làm ngơ cho những hoạt động của Việt cộng ở vùng biên giới. Mất viện trợ Mỹ, ngân sách bị thiếu hụt, Sihanouk ra lệnh thu mua lúa gạo với giá rẻ hơn. Điều này khiến nông dân bất mãn và họ không chịu tăng gia sản xuất. Ngay cả phe hữu cũng bất bình vì thái độ đối ngoại thân Cộng và vì ngân sách quốc phòng bị giảm. Họ càng bất mãn hơn khi Sihanouk đứng ra triệu tập Hội nghị nhân dân Đông dương ở Phnom Penh năm 1966, và chỉ mời Bắc Việt, Mặt trận giải phóng, và Pathet Lào tham dự. Vào cuối năm đó, Quốc hội Campuchia được bầu lại. Chỉ trừ Khieu Samphan, Hou Youn và Hu Nim đắc cử, còn lại toàn là dân biểu phe hữu. Lon Nol được bầu làm Thủ tướng, và chính phủ bắt đầu chính sách thu mua lúa gạo một cách cứng rắn hơn.
Mầm mống bất mãn nổi lên. Sáng ngày 2-4-1967, nông dân làng Samlaut tỉnh Battambang nổi loạn, giết chết hai binh sĩ, cướp súng ống rồi tấn công đồn bót tỉnh ly. Cuộc nổi loạn bị dẹp tan, nhưng ở biên giới phía đông gần vùng tam biên, Saloth Sar và Trung ương Đảng cộng sản Campuchia nghĩ rằng thời gian đã chín mùi để có thể phát động đấu tranh vũ trang chiếm chính quyền, bắt đầu nổi lên gây rối. Sihanouk tố cáo phe tả đứng đằng sau cuộc nổi loạn ở Samlaut nên cho mật vụ bắt bớ đàn áp. Khiêu Sam phan, Hou Youn, Hu Năm phải trốn vào bưng. Kể từ lúc đó, Sihanouk mất dần sự ủng hộ của cả phe tả lẫn phe hữu. Ngày 18-3-1970, khi Sihanouk đang nghỉ hè ở Pháp, Quốc hội Campuchia được triệu tập, ra tuyên cáo truất phế Sihanouk khỏi chức Quốc trưởng, tố cáo ông ta đã để bộ đội Việt nam chiếm đóng đất đai Campuchia một cách bất hợp pháp, vi phạm sự toàn vẹn lãnh thổ và nền trung lập của quốc gia Campuchia.
Cuộc đảo chánh kể trên đã chấm dứt đường lối chính trị đu dây của Sihanouk. Nhân vật chính trong cuộc đảo chính là hoàng thân Sirik Matak và tướng Lon Nol. Lon Nol xuất thân nông dân. Năm 1946, ông lập đảng Canh Tân Campuchia. Tới năm 1955, đảng này nhập vào đảng Sangkum của Sihanouk và Lon Nol được Sihanouk cho làm Tham mưu trưởng quân đội. Ông ta giấu kín tham vọng, được Sihanouk tin cẩn và trở nên cánh tay mặt của Sihanouk. Sau khi đảo chánh, Lon Nol gom tất cả Việt kiều vào những trại tập trung, và rồi hàng ngàn người Việt bị thảm sát thả trôi trên dòng Cửu Long. Chính phủ ngầm xúi dục dân chúng Phnom Penh biểu tình đập phá toà đại sứ Bắc Việt và toà đại diện Việt cộng, đồng thời chính thức yêu cầu quân lính Việt cộng rút ra khỏi những mật khu biên giới.
Ngày 30-4-1970, quân đội Sài gòn và Hoa kỳ tràn qua biên giới tấn công các mật khu của Việt cộng ở khu Lưỡi Câu và Mỏ Vẹt, tịch thu nhiều vũ khí, lương thực, nhưng Bộ chỉ huy Cục R chạy thoát. Mất căn cứ ở biên giới, quân Việt cộng lùi sâu vào lãnh thổ Campuchia, đánh chiếm hầu hết lãnh thổ vùng Đông Bắc, rồi giao lại cho quân Khmer Đỏ cai trị. Lon Nol phản ứng lại bằng cách tăng cường quân đội, từ ba mươi lăm ngàn quân lên một trăm ngàn trong vòng hai tháng. Dù thiếu trang bị và huấn luyện, nhưng Lon Nol tin rằng ông ta sẽ chiến thắng. Trước hết, ông ta tin vào lòng thù ghét Việt nam của dân chúng Campuchia, thứ hai là vì những lý do rất mê tín. Lon Nol tin rằng Phật sẽ giúp quân lính ông chống lại ma vương cộng sản, do đó quân sĩ được khuyến khích đeo bùa, hay xâm lên người những dấu hiệu thiêng liêng. Dù binh sĩ Cộng hoà Khmer đã chiến đấu dũng cảm, nhưng vì thiếu trang bị, thiếu huấn luyện, vì tệ nạn tham nhũng và nhất là vì Lon Nol cứ liên tiếp xen vào hệ thống chỉ huy nên hai cuộc hành quân Chân Lạp I và Chân Lạp II trong hai năm 1970 và 1971 đã đưa đến thảm bại, gây tổn thất trầm trọng cho quân đội. Trong khi đó, quân Khmer Đỏ lớn mạnh dần, và sau khi hiệp định Paris về Việt nam được ký kết (ngày 27-1-1973), quân Khmer Đỏ bắt đầu đảm nhiệm cuộc chiến một cách tích cực hơn. Với lối đánh liều mạng bất kể tổn thất, Khmer Đỏ dần dần mở rộng vùng kiểm soát và tới cuối năm 1974, họ bắt đầu tấn công Phnom Penh. Tuy hai lần Khmer Đỏ bị đẩy lui với những tổn thất nhân mạng rất lớn, nhưng rồi vòng đai phòng thủ Phnom Penh cũng bị vỡ. Ngày 1-4-1975, Neak Song thất thủ, ngày 12-4-1975, cứ điểm phòng thủ cuối cùng Takhman ở phía tây bị tràn ngập. Phnom Penh trở nên một thành phố bỏ ngỏ. Ngày 17-4-1975, quân Khmer đỏ tiến vào thành phố. Cuộc nội chiến trong giai đoạn chiến tranh Đông dương thứ hai chấm dứt, nhưng người dân Campuchia không biết rằng họ đang bước sang một giai đoạn lịch sử đen tối khác, bi thảm hơn tất cả mọi thảm hoạ mà họ hay toàn thể nhân loại đã trải qua.