Bùng lên trước khi tàn lụi Dấu ngoặc về công chúa Huyền Trân Sau 5 năm thương lượng gay go giữa hai triều đình về của hồi môn, năm 1306 vua Trần Anh Tôn chấp thuận gả công chúa Huyền Trân cho Chế Mân, bù lại lãnh thổ bắc Chiêm Thành (Indrapura) : châu Ô và châu Lý thuộc nhà Trần. Cuộc hôn nhân dị chủng này đã trở thành tranh chấp giữa hai dân tộc và hai triều đình suốt thời gian sau đó. Cho đến nay chưa một tài liệu nào giải thích về trường hợp công chúa Huyền Trân một cách rõ ràng và có tính thuyết phục. Người Chăm tố cáo nhà Trần lợi dụng cuộc hôn nhân này để chiếm đoạt đất đai của họ. Thơ văn Việt Nam bênh vực Huyền Trân như là nạn nhân của một vụ đổi chác chính trị và đả kích Chế Mân (với những lời lẽ khiếm nhã) dám sánh ngang hàng với người Việt…
Những lý luận vừa kể chứng tỏ sự thiếu hiểu biết về phong tục tập quán của người Chăm. Khi cựu vương Trần Nhân Tôn hứa gả Huyền Trân cho Chế Mân, ông muốn thành lập một liên minh quân sự chống lại quân Mông Cổ khi bị tấn công. Nhưng chiến lược này đã không được quần thần chấp nhận vì không muốn một sự pha chủng nào trong quan hệ hoàng gia.
Có lẽ bà hoàng hậu thứ ba này của Chế Mân đã rất được sủng ái nên sử tích Chăm kể rằng Huyền Trân được nhà vua đưa đi thăm viếng những danh lam thắng cảnh của Chiêm Thành. Các suối nước nóng dọc bờ biển miền Trung được dành riêng cho bà tắm rửa, kể cả suối Vĩnh Hảo (huyện Tuy Phong, Phan Thiết), để hạnh phúc của vua và hoàng hậu được bền lâu. Nhưng hạnh phúc đã không dài lâu. Hơn một năm sau, tháng 5-1307 Chế Mân từ trần. Hung tin đến tai nhà Trần bốn tháng sau đó, tháng 9-1307. Lo sợ em gái mình bị hỏa thiêu, Trần Nhân Tôn sai quan nhập nội hành khiển thượng thư tả bộc sạ Trần Khắc Chung và quan an phủ sứ Đặng Văn sang Chiêm Thành phúng điếu rồi tìm kế đưa Huyền Trân về.
Việc hỏa thiêu vợ khi vua băng hà là hoàn toàn bịa đặt. Nếu Huyền Trân bị triều đình Chiêm Thành bắt chết theo Chế Mân thì bà đã bị hỏa thiêu từ lâu rồi, vì theo tục lệ của người theo đạo Hồi hay Bà La Môn xác người chết chỉ giữ tối đa là 7 ngày sau đó phải đem hỏa thiêu.
Thật ra trong vụ này triều đình Chiêm Thành đã quyết định trả Huyền Trân về lại cho nhà Trần để đòi lại hai châu Ô và Rí nên đã tiếp đón phái đoàn Trần Khắc Chung một cách ân cần và cấp hơn 300 thủy binh hộ tống. Sự từ khước kết nghĩa suôi gia này có một ý nghĩa đặc biệt, nó thể hiện sự từ chối hợp tác giữa hai nền văn minh và văn hóa khác nhau, một bên là văn minh văn hóa Khổng Mạnh và một bên là văn minh văn hóa Ấn Độ. Cả hai vương triều gần như chấp nhận sự khác biệt đó và không muốn có một sự hòa hợp nào.
Còn chuyện hỏa thiêu có lẽ đã do Trần Khắc Chung thêu dệt ra để được Trần Anh Tôn cử sang Chiêm Thành đón Huyền Trân về nước. Sau khi gặp lại người yêu, thay vì căng buồm về Bắc ông dẫn Huyền Trân ra một hoang đảo tư thông với nhau trong suốt một năm liền, đến mùa thu năm 1308 mới lên thuyền về lại Thăng Long. Đoàn thủy binh Chăm lúc đó mới được giao trả cho Chiêm Thành để báo cáo sự việc.
Cũng nên biết, nhà Trần áp dụng chế độ nội hôn để bảo vệ quyền lợi hoàng tộc. Việc Trần Khắc Chung tư thông với Huyền Trân được coi là bình thường. Nhưng triều đình Chăm không chấp nhận và rất căm hận về chuyện này, vì Huyền Trân là hoàng hậu Champa bị một quan Việt thông dâm xúc phạm đến danh dự hoàng triều và tín ngưỡng quốc gia. Có lẽ cũng chính vì thế mà Hưng Nhượng đại vương Trần Quốc Tảng (con Trần Hưng Đạo) mắng "họ tên người này không tốt, có lẽ nhà Trần mất vì người này chăng?", vì Khắc là thắng, Chung là tàn (thắng xong thì tàn lụi theo). Cuộc tình sử tay ba này ít được người đời nhắc tới mà chỉ nói về cuộc hôn nhân dị chủng mà thôi.
Về phía Chiêm Thành, đền thờ Chế Mân được lập tại Tháp Po Klong Garai (Tháp Chàm, Phan Rang) và tại Yan Prong (An Khê, Đắc Lắc) cạnh núi Se San. Dân chúng thờ ông dưới tên Sri Jaya Sinhavarma Lingesvara.
Hoàng tử Po Sah - 23 tuổi, con của chánh hậu Bhaskaradevi (người Java), tước Pulyan Mahendravarman tiểu vương lãnh địa từ sông Vok (sông Bung) đến bắc Bình Định (Bhumana) - lên thay năm 1307, hiệu Jaya Sinhavarman IV (còn gọi là Chế Chí hay Chế Dà La). Việc đầu tiên của tân vương là xúi giục dân Chăm tại Thuận châu và Hóa châu nổi loạn.
Năm 1311, Trần Anh Tôn tấn công Chiêm Thành, bắt Chế Chí về giam tại cung Gia Lâm (và mất năm 1313), đưa em trai của Chế Chí là Chế Đà A Bà Niêm lên thay, hiệu Chế Năng. Năm 1314 Chế Năng kéo quân ra Bắc chiếm lại châu Ô và châu Rí và chỉ bị đẩy lui năm năm sau đó. Năm 1318, quân Trần tiến xuống Đồ Bàn, Chế Năng cùng hoàng gia chạy sang Java lánh nạn, triều đình Chiêm Thành bị bỏ trống.
Đây là đợt di dân thứ ba của người Chăm ra hải ngoại. Chế Năng là con thứ hậu Tapasi, người Yavadvipa.
Triều vương thứ mười hai (1318-1390) : tột đỉnh
Năm 1318, nhà Trần phong một tướng Chăm tên Thủ (Patalthor) lên ngôi, hiệu Chế A Năng (hay Thành A vương, tương đương với tước phó vương của Đại Việt). Vì không thuộc dòng dõi bộ tộc Cau và Dừa, Chế A Năng liên tục bị triều thần chống đối từ 1323 đến 1326. Để có sự chính thống, năm 1323 Chế A Năng cử em trai là Pao Yeou Patseutcho đi sứ sang Trung Hoa xin nhà Nguyên công nhận. Hay tin này, năm 1326 nhà Trần mang quân sang đánh nhưng bị đẩy lùi. Chiêm Thành sống trong thái bình cho tới 1342.
Năm 1336 Chế A Năng từ trần, con ruột là Chế Mỗ và con rể là Trà Hoa Bồ Đề tranh ngôi vua trong 6 năm, Chiêm Thành sống trong loạn lạc. Năm 1342 Chế Mỗ bị đuổi sang Đại Việt, Trà Hoa Bồ Đề chính thức lên ngôi. Năm 1353, Trần Dụ Tôn đưa Chế Mỗ về nước nhưng đến Cổ Lũy (Quảng Ngãi) thì bị quân Chiêm chận đánh, quân Trần rút về, Chế Mỗ buồn rầu rồi qua đời. Từ sau ngày đó, quân Chiêm Thành liên tục tràn sang đánh phá Hóa châu và Thuận châu.
Năm 1360, Trà Hoa Bồ Đề qua đời, em Chế A Năng là Po Binasor (Po Bhinethuor) được triều thần tôn lên làm vua, hiệu Chế Bồng Nga (Che Bonguar). Chế Bồng Nga là một vị tướng tài, chỉ huy nhiều trận đánh vào lãnh thổ Đại Việt. Vừa lên ngôi, ông liền tổ chức lại quân đội, chuẩn bị chiến tranh với nhà Trần nhằm chiếm lại những phần lãnh thổ bị mất. Những tù trưởng và bộ lạc Thượng trên Tây Nguyên theo Chế Bồng Nga rất đông.
Từ 1360 đến 1370, quân Chiêm Thành ra vào lãnh thổ Đại Việt như chốn không người. Dân cư Đại Việt lập nghiệp dọc các vùng bờ biển Bố Chánh, Tân Bình, Thuận Hóa (Nghệ An, Quảng Bình, Quảng Trị, Thừa Thiên) sinh sống rất khổ sở trước nạn binh đao. Từ 1371 đến 1383, quân Chiêm đã ba lần chiếm đóng Thăng Long và năm 1390 lúc đang tiến vào Thăng Long lần thứ tư thì Chế Bồng Nga bị tử trận, chấm dứt một trang anh hùng sử.
Nét đặc biệt của Chế Bồng Nga là mỗi lần đánh phá xong, ông cho rút quân về bên kia đèo Hải Vân chứ không cho người ở lại quản trị trực tiếp những vùng đất vừa bị chiếm như những vua trước, vì người Chăm tin rằng trấn đóng những vùng đất lạ sẽ mang tai họa và cũng không muốn bị hao tổn lực lượng bởi những hành động kháng chiến. Tuy vậy vẫn có thể nói trong vòng 30 năm, Chế Bồng Nga đã khôi phục lại những vùng đã mất từ hơn 300 năm trước đó (Bố Chánh, Địa Lý và Ma Linh bị mất năm 1069, châu Ô, châu Rí năm 1306).
Chế Bồng Nga chết, quân Chiêm như rắn không đầu liền bị rối loạn, quân Trần sát hại rất nhiều. Các vùng đất dưới ảnh hưởng Chiêm Thành đều được thu hồi. Lê Quí Ly (tức Hồ Quí Ly sau này) kinh lý các vùng đất Hóa châu và Thuận châu, tổ chức lại việc phòng thủ và cho xây dựng lại những nơi bị tàn phá. Phan Mãnh được bổ nhiệm cai trị hai xứ Tân Bình (Quảng Bình) và Thuận Hóa (Quảng Trị và Thừa Thiên). Nhà Trần đưa dân chúng từ các vùng trung du, vùng đồng bằng sông Hồng và sông Mã vào định cư tại Tân Bình và Thuận Hóa.
Triều vương thứ mười ba (1390-1458) : suy yếu
Bị đánh bại năm 1390, tướng La Khải (Ko Cheng) chiếm được xác Chế Bồng Nga mang đi hỏa táng, rồi thu quân về nước. Về Đồ Bàn, La Khải liền xưng vương và chịu triều cống nhà Trần trở lại. Năm 1391, La Khải xin nhà Minh thừa nhận nhưng đến năm 1413 con của ông là Ba Đích Lại mới được nhà Minh tấn phong.
Chính sách cai trị khắt khe của La Khải gây bất mãn trong nước. Vây cánh của Chế Bồng Nga đều bị La Khải thay bằng những tướng sĩ thân tín, con trai của Chế Bồng Nga tên Chế Ma Nô Dã Na cùng em là Chế San Nô sợ bị ám hại đã chạy qua Đại Việt xin tị nạn. Cả hai được nhà Trần phong tước Hiệu chính hầu. Năm 1397, một hoàng thân tên Chế Đà Biệt, em là Mộ Hoa, con là Gia Diếp cùng toàn thể gia quyến sang Đại Việt tị nạn. Chế Đà Biệt được Lê Quí Ly giao trọng trách bảo vệ biên giới phía nam của Đại Việt đề phòng những cuộc tấn công mới của quân Chiêm Thành. Năm 1400, La Khải mất, con là Ba Đích Lại (Jaya Sinhavarman V) lên ngôi.
Tại Đại Việt, năm 1400 Lê Quí Ly lên ngôi vua, đổi thành họ Hồ. Cũng nên biết, lúc nhà Trần suy yếu vai trò của Lê Quí Ly trở nên nổi bật và trực tiếp điều khiển triều đình từ 1372. Vì thiếu sự chính thống, Hồ Quí Ly thường ra oai bằng cách tấn công Chiêm Thành và các lãnh thổ Chiêm Động (nay là Thăng Bình, Quảng Nam, hay bắc Amavarati), Cổ Lũy (nay là Tư Nghĩa (Quảng Ngãi), Bạt Đạt Gia, Hắc Bạch (nam Quảng Ngãi, bắc Bình Định) và Sa Lý Nha (tức Sa Huỳnh) lần lượt bị sát nhập từ 1400 đến 1403. Vựa lúa lớn nhất Bắc Chiêm Thành bị mất hẳn, toàn bộ đất đai tại Indrapura và Amaravati (Quảng Bình, Quảng Trị, Thừa Thiên, Quảng Nam và Quảng Ngãi) cũng không còn.
Những vùng đất mới được phân thành châu Thăng, châu Hoa, châu Tư và châu Nghĩa ; bốn châu mới này họp lại thành lộ Thăng Hoa do một quan an phủ sứ cai trị, chỗ giáp giới đặt thành trấn Tân Ninh. Chế Ma Nô Dã Na (con Chế Bồng Nga), lúc đầu làm Thăng Hoa quận vương để chiêu dụ dân chúng Chăm, sau được phong Cổ Lũy thượng hầu giữ hai châu Tư và Nghĩa. Quí Ly đưa những nông dân cùng gia đình không có đất cày từ những châu khác ở phía bắc vào khai phá đất mới. Người Champa không chấp nhận sống dưới sự cai trị của người Việt bỏ đi lên núi hoặc về Vijaya (Đồ Bàn) lập nghiệp.
Năm 1403, Ba Đích Lại yêu cầu nhà Minh can thiệp để đòi lại Indrapura và Amavarati, nhưng bị nhà Hồ từ chối. Chỉ khi nhà Hồ bị dẹp và nước Đại Ngu bị nhà Minh đô hộ, từ 1407 đến 1427, Chiêm Thành mới phục hồi lại sức mạnh quân sự và những vùng đất đã mất dưới tay nhà Hồ đều lấy lại được.
Năm 1407, hoàng tử Ngauk Glaun Vijaya (con Ba Đích Lại) cất quân đánh Đại Việt, giết quan trấn thủ lộ Thăng Hoa là Chế Ma Nô Dã Na (con của Chế Bồng Nga). Ba Đích Lại được nhà Minh phong vương năm 1413. Mặc dù vậy, dân chúng Champa không muốn di dân lên những vùng đất vừa chiếm lại lập nghiệp, chỉ một số người muốn trở về để giữ gìn hương hỏa mà thôi. Dẹp yên phía Bắc, Ba Đích Lại mang quân xuống tấn công vương quốc Chân Lạp phía nam đang suy yếu, vì bị Xiêm La đánh phá liên tục. Quân Chăm chiếm được nhiều vùng đất lớn dọc sông Đồng Nai và trên đồng bằng sông Cửu Long. Quân Khmer bị đuổi tới thành phố Chantabun, gần biên giới Xiêm La, vua Chau Ponea Yat phải cầu cứu nhà Minh và quân Minh đã hai lần tiến vào Chiêm Thành (1408 và 1414) làm áp lực Chiêm Thành mới chịu rút quân, Chân Lạp thoát nạn đô hộ. Mặc dầu vậy, quân Chiêm Thành cũng chiếm được thị trấn Nagara Brah Kanda (thị xã Biên Hòa ngày nay).
Năm 1428, Lê Lợi đuổi được quân Minh ra khỏi lãnh thổ và lên ngôi vua, hiệu Thánh Tổ. Trước thế lực của nhà Lê, Ba Đích Lại trả những vùng đất đã chiếm dưới thời nhà Minh, đổi thành lộ Thuận Hóa thuộc đạo Hải Tây và đặt quan cai trị. Việc giao hảo giữa Chiêm Thành và Đại Việt trở nên tốt đẹp.
Năm 1433 Lê Lợi mất, con là Nguyên Long, 11 tuổi, lên ngôi hiệu Thái Tôn, Ba Đích Lại liền trở mặt. Năm 1434, ông cho quân sang đánh phá các vùng đất (Hóa châu) vừa giao trả trước đó, vua Lê phải cử Lê Khôi và Lê Chiếc ra dẹp, vua Chăm mới chịu triều cống trở lại.
Thật ra từ 1390 đến 1433 Chiêm Thành không có vua, đất nước lâm vào cảnh nội loạn. Đối với người Chăm, La Khải và Ba Đích Lại chỉ là những kẻ soán ngôi. Năm 1433, quần thần Chiêm đưa công chúa Po Sahnar về miền Nam cai trị (Panduranga), đóng đô tại Phan Rí, không tuân lệnh Vijaya. Hoàng tử Nauk Glaun Vijaya thân chinh đi đánh dẹp, gây nhiều thù oán với các dòng vương tôn Champa phía nam như bắt công chúa Po Sahnar về giam tại Vijaya. Chính vì thế năm 1441 khi Ba Đích Lại qua đời, Nauk Glaun Vijaya không được triều thần cho nối ngôi mà đưa người cháu của cố vương là Maha Kilai (Mã Kha Qui Lai) lên thay. Chú của tân vương là Po Parichanh tự đứng ra nhiếp chính, rồi tự xưng vương năm 1442, hiệu Bí Cai (Maha Vijaya) và được nhà Minh công nhận.
Vừa lên ngôi, Bí Cai liền mang quân tấn công nhà Lê và bị đánh bại. Vua Lê Nhân Tôn tiến chiếm Phật Thành (còn gọi là Đồ Bàn, Chà Bàn, Vijaya) bắt được nhiều vương tôn Champa, trong đó có công chúa Po Sahnar, rồi rút về. Ba Đích Lại cùng hoàng gia phải chạy lên núi trốn trong những buôn làng của người Thượng như Trà Toàn (Po Ka Prah), Trà Toại (Po Ka Prih). Kinh đô Phật Thành (Vijaya) bị nhà Lê đổi thành Đồ Bàn.
Trong hai năm 1444 và 1445, Bí Cái nhiều lần dẫn quân tiến vào Hóa châu nhưng đều bị đẩy lùi. Năm 1446, được Maha Quí Lai hướng dẫn, quân Lê chiếm thành Đồ Bàn, bắt sống Bí Cai và tất cả phi tần đem về Thăng Long. Maha Quí Lai được nhà Lê tôn lên làm vua Chiêm Thành và chịu triều cống, quan hệ giữa hai nước tốt đẹp trở lại. Năm 1448, Lê Nhân Tôn đánh dẹp các lực lượng Thượng do những hoàng tôn Chăm lãnh đạo, chiếm xứ Bồn Man (Djarai-Kontum) và đặt thành châu Quy Hợp rồi giao cho một vương tôn Chăm thần phục nhà Lê cai quản.
Năm 1449 Maha Quí Lai bị người em tên Bí Do (Maha Kido) bắt giam rồi xưng vương. Bí Do sai Giao Nể Mỗ và Bàng Thoan sang Đại Việt báo tin, vua Lê không những không công nhận mà còn khiển trách nặng nề. Sau biến cố này, Bí Do đuổi 70 gia đình Việt định cư tại Chiêm Thành về nước rồi ngưng luôn việc xin tấn phong. Năm 1452, Quí Lai mất, Bí Do sai sứ sang Trung Hoa xin nhà Minh công nhận và được phong vương năm 1457.
Triều vương thứ mười bốn (1458-1471) : tan rã
Năm 1458 thái tử Po Tam (Po Dam hay Po Kathit), con Bí Cai, giết Bí Do rồi tự xưng vương, hiệu Bàn La Trà Nguyệt (Maha Banla Tranguyet). Năm 1460, Trà Nguyệt nhường ngôi cho em là Po Kaprah, hiệu Bàn La Trà Toàn (Maha Tratoan). Trà Toàn cử người sang Đại Việt xin tấn phong nhưng bị nhà Lê buộc dâng phẩm vật triều cống nên Trà Toàn tức giận. Trong hai năm 1468 và 1469, Trà Toàn vừa cho người sang cầu viện nhà Minh vừa mang đại quân (100.000 người) sang chiếm Hóa châu (1469-1471).
Tức giận trước sự khiêu khích này, vua Lê Thánh Tôn quyết định phạt Chiêm một lần cho đích đáng. Trước khi ra quân, ngày 6-10-1471, nhà vua đọc hịch Bình Chiêm trước ba quân, lời lẽ rất đanh thép, rồi cho sứ sang Trung Hoa báo cáo sự xâm phạm lãnh thổ của Chiêm Thành. Lê Thánh Tôn cất đại quân hơn 250.000 người sang đánh Chiêm Thành, trong đó 100.000 đi bằng đường thủy, 150.000 đi bằng đường bộ. Đại quân nhà Lê chiếm cửa Thị Nại rồi tiến về Đồ Bàn. Trà Toàn sai em là Po Kaprih dẫn đội tượng binh gồm 5.000 người ra đối chọi nhưng bị đánh bại, Trà Toàn rút vào cố thủ thành Đồ Bàn.
Sau cuộc tấn công, khoảng 60.000 binh lính và thường dân Chăm bị loại khỏi vòng chiến, hơn 30.000 người bị bắt làm tù binh, tất cả đều bị đày lên Thanh Hóa. Một số tù binh Chăm gồm thợ khéo tay, nài voi được đưa về Thăng Long xây dựng đền đài và huấn luyện voi trận cho nhà Lê, chùa Bà Đá tại Hà Nội được xây dựng trong giai đoạn này. Toàn bộ tài sản và báu vật tại Đồ Bàn đều bị tịch thu, trong đó có ấn kiếm hoàng gia (một hộp bằng bạc hình chiếc gươm), biểu tượng của vương quyền Chiêm Thành. Trà Toàn và cả hoàng gia gồm 50 vương tôn (Po Sahama, Po Ngasa, Bà Thái, Đa Thủy...) đều bị bắt.
Trong cuộc tiếp kiến, Trà Toàn xin vua Lê chỉ làm tội một mình ông và tha cho con cái gồm 10 người. Trên đường về tới Nghệ An, Trà Toàn tự tử chết. Lê Thánh Tôn sai cắt đầu Trà Toàn treo ở đầu thuyền và cho khắc chữ "Cổ Chiêm Thành ngươn ác Trà Toàn chi thủ".
Lê Thánh Tôn giải tán vương quốc Chiêm Thành. Thủ đô chính trị, hành chánh và tín ngưỡng của vương quốc Bắc Chiêm Thành Vijaya bị đổi thành Đồ Bàn và cấm người Chăm đến cư ngụ.
Em Trà Toàn là Po Kaprih dẫn theo một số tàn quân trốn lên xứ Bồn Man (cao nguyên Kontum-Darlac), được dân chúng tôn lên làm vua. Po Kaprih xưng hiệu Trà Toại và cho người sang Trung Hoa cầu cứu nhà Minh, báo cáo tình hình của Chiêm Thành. Lê Thánh Tôn sai Lê Niệm mang 30.000 quân lên Tây Nguyên lùng bắt Trà Toại đem về trị tội.
Nhà Minh không tán thành việc Đại Việt chiếm đóng Chiêm Thành nhưng không dám can thiệp trực tiếp, kể cả việc xin phóng thích Trà Toàn và hoàng gia Chiêm Thành. Năm 1472 nhân vua Lê Thánh Tôn sai sứ sang Trung Hoa báo cáo sự tình, Minh Hiển Tông trách cứ việc chiếm đế đô Đồ Bàn. Sau đó nhà Minh sai sứ sang phong vương cho Trà Toại nhưng khi đến cửa Tân Châu (Quảng Nam) quân Lê không cho cập bờ. Lê Thánh Tôn phản đối việc phong vương này và tuyên bố Chiêm Thành đã trở thành một châu của Đại Việt : châu Giao Nam. Nhà Lê phong cháu của Trà Toàn tên Bố Trì Tri (Thái Da) làm vương đất Giao Nam (còn gọi là Phan Long).
Chiêm Thành bị phân hóa Năm 1472, Bố Trì Tri, cháu của Trà Toàn, chạy về Panduranga (Giao Nam) xưng vương, hiệu Thái Da (Jayavarman Mafoungnan). Tân vương sai sứ sang Đại Việt xin thừa nhận và xin tiếp tục triều cống. Ranh giới phân chia hai nước được xác nhận tại đèo Cù Mông, cạnh chân núi Thạch Bi.
Vua Lê Thánh Tôn áp dụng chính sách bảo hộ, chia Chiêm Thành ra làm ba tiểu quốc, phong ba tiểu vương cai trị.
1. Bồ Trì Tri cai quản đất Giao Nam, tức Nam Chiêm Thành gồm Kauthara và Panduranga, bằng 1/5 lãnh thổ cũ, từ mũi Kê Gà trở xuống gồm 5 lãnh địa : Aya Tră (Nha Trang), Panră (Phan Rang), Krău (Long Hương), Phan Rí (Parik) và Pajai (Phố Hài, gần Phan Thiết). Giao Nam (tức Panduranga) được độc lập về chính trị, kinh tế và tín ngưỡng nhưng phải triều cống nhà Lê. Kinh đô trong giai đoạn đầu đặt tại Virapura, tức Phan Rang.
2. Trà Toại cai trị đất Nam Phan : xứ Bồn Man, tức châu Quy Hợp (Tây Nguyên ngày nay và một phần cao nguyên Attopeu Nam Lào).
3. Một vương tôn Champa (người Thượng) khác cai quản đất Hóa Anh : lãnh thổ Aryaru cũ (Phú Yên).
Sau 1471, lãnh thổ của vương quốc Chiêm Thành phía nam (Kauthara và Panduranga) chỉ còn từ đèo Cù Mông đến mũi Kê Gà (cap Varella). Lãnh thổ Đại Việt mới kéo dài từ ải Nam Quan đến đèo Cù Mông. Phần đất Chiêm Thành cũ, gọi là Nam Bàn (từ Quảng Nam đến Đồ Bàn) được chia thành ba vùng gồm Đại Chiêm tức Chiêm Động (Quảng Nam), Cổ Lũy (Quảng Ngãi) và Đồ Bàn (Bình Định). Một tướng Chăm tên Bà Thái (Po Thai) làm tri phủ đất Đại Chiêm. Những quan Đại Việt cai trị Đồ Bàn và Cổ Lũy có quyền tiền trảm hậu tấu.
Hàng đoàn người Chăm, trong đó có nhiều gia đình vương tôn không chấp nhận sự cai trị của người Việt tại Cổ Lũy, chạy vào rừng sâu trên lãnh thổ xứ Láng Cháng (Luang Prabang, Bắc Lào) lánh nạn, một số vượt Trường Sơn chạy sang Chân Lạp định cư. Đây là cuộc di dân lần thứ tư sau các đợt di tản năm 986, 1285 và 1318. Lê Thánh Tôn đổi tên đất Cổ Lũy thành đạo Quảng Nam gồm 3 phủ (Thăng Hoa, Tư Nghĩa và Hoài Nhơn) và 9 huyện.
Trên cao nguyên một lãnh tụ Chăm tên Công (còn gọi là Chăm Công) được sự giúp đỡ của vương quốc Láng Cháng tổ chức đánh phá các làng xã và đồn phòng thủ của quân Việt. Năm 1479, Lê Thánh Tôn mang đại binh gồm 180.000 người sang Láng Cháng dẹp loạn Chăm Công, truy đuổi vua Láng Cháng sang lãnh thổ Miến Điện. Vua Lê giao một vương tôn Chăm thân Đại Việt cai trị xứ Quy Hợp gồm 7 huyện và cho thành lập phủ Trấn Ninh giao cho một quan người Việt cai trị.
Tại Nam Bàn, Lê Thánh Tôn cho thành lập Thái bộc tư khanh, một bộ phận hành chánh chuyên lo đặt lại cho đúng qui chế họ tên của người Chăm theo đúng phiên âm Đại Việt. Vì người Chăm không có họ nên việc xét tên đặt họ rất khó khăn, nếu tên có nhiều chữ thì chỉ giữ lại ba chữ cuối : thí dụ như Tô Môn Tô Sa Môn viết thành Tô Sa Môn, Sa Qua Sa Oa Qua thành Sa Oa Qua...
Vua Lê còn ra lệnh cấm quan viên và dân chúng Việt chứa chấp người Chăm. Nhà Lê đưa những tội phạm biệt xứ gốc Kinh vào các châu Thăng Hoa, Tư Nghĩa và Hoài Nhơn (thuộc đạo Quảng Nam) khai phá đất mới. Những lưu dân này lúc ra đi, hoặc độc thân hoặc không được mang theo gia đình, một số đã lập gia đình với các thiếu nữ Chăm và sinh con đẻ cái. Con cái của những người này sau đó đã trở thành người Việt, quên hẳn gốc Chăm của mẹ và đã trở thành những người miền Trung. Người Chăm tại Phan Rang gọi những người Chăm mang hai giòng máu tại Quảng Nam và Bình Định là Chăm Hoi (người Việt gọi là Hời). Phụ nữ Chăm Quảng Nam và Bình Định lấy chồng Việt là chuyện thường, nhưng rất hiếm trường hợp phụ nữ Chăm tại Ninh Thuận và Bình Thuận lấy chồng Việt, vì khác biệt tôn giáo, đa số theo đạo Chăm Bani (Hồi giáo cải cách).
Dân chúng Việt sống trên các lãnh thổ Quảng Bình, Quảng Trị và Thừa Thiên, tức Indrapura cũ, thỉnh thoảng bị người Hroi, một bộ lạc gốc Malayo Polynesien cư ngụ trên Tây Nguyên, tràn xuống đánh phá, từ đó người miền Trung gọi chung tất cả những người có nước da đen đủi ở trần là Hời. Về sau danh xưng này được đồng hóa với người Chăm trước thế ky 15. Thật ra người Chăm lai Thượng hay Thượng gốc Chăm được người Chăm Phan Rang gọi là Chăm Pal, không liên quan gì đến người Chăm Hoi tại Bình Định. Họ là những người thuộc các bộ lạc Rhadé, Raglai, Churu v.v...
Năm 1478, Bố Trì Tri mất,em à Koulai lên thay và bị ám sát tại Lão Qua (Lào) năm 1505, con là Chakou Poulo kế nghiệp. Chakou Poulo lo mở mang xứ sở, giao hảo với Trung Hoa và được nhà Minh sắc phong năm 1515 và nhìn nhận vương quốc Nam Chiêm Thành cho tới năm 1543. Thuyền buôn ngoại quốc (Trung Hoa, Mã Lai, Khmer, Bồ Đào Nha và Hòa Lan) vẫn lui tới các hải cảng Panduranga buôn bán tấp nập trong những thế ky 16 và 17.
Đầu thế ky 16, người Chăm trong các vùng đất Thuận Hóa và Nam Bàn thường hay nổi lên đánh giết những gia đình người Việt đến định cư lập nghiệp. Đất Nam Bàn trở nên khó cai trị, việc quản trị sau đó phải giao cho những quan Việt. Được sự đồng ý của chúa Trịnh, vua Lê sai Nguyễn Hoàng trấn thủ đất Thuận Hóa giữ yên bờ cõi phía Nam. Nhiều gia đình hoàng tộc Champa sinh sống trên vùng đất này chạy về Panduranga tị nạn. Một số dân cư Chăm sinh sống dọc các bờ biển miền Trung trở thành những nhóm hải tặc tổ chức cướp phá các đội thương thuyền ngoại quốc, nhất là của người Bồ Đào Nha và Hòa Lan, đi lại trong vùng để sinh sống. Địa Bàn hoạt động của các đám hải tặc là quanh các đảo Côn Lôn và Phú Quý.
Chiêm Thành trên danh nghĩa không còn được nhắc tới nữa, nhưng trong thực tế vương quốc Chiêm Thành đối với người Chăm vẫn tồn tại mặc dù đất đai bị thu hẹp. Sau này vào thời Nguyễn sơ, nhất là dưới thời Nguyễn Hoàng, vương quốc Chiêm Thành được nhìn nhận trở lại.