Bấy giờ, Lý Thánh Tông đã 40 tuổi mà chưa có con trai nối dõi, Nhà vua và triều đình rất buồn phiền thường đi cầu tự ở các đền chùa trong nước.
Một hôm, trăm quan rước xe vua Lý Thánh Tông đi cầu tự ở chùa Dâu (Thuận Thành, Hà Bắc). Nhân dân các làng ven đường, gái trai già trẻ đều đổ ra xem. Riêng cô gái nghèo làng Sủi thì lại khác thường. Lòng cô dửng dưng trước đám rước vua. Xa xa, nghe tiếng chiêng trống khua vang, tiếng quân lính hò thét, tiếng nhân dân hò reo, cô vẫn không ngừng tay hái lá, vẫn miệt mài trong chốn nương dâu. Tới khi xe vua đến gần chị em bạn bỏ chạy ra đường xem đám rước, cô mới tạm ngừng tay trong giây lái. Nhưng cô cũng không rời nương dâu, chỉ đứng tựa gốc cây, mắt lơ đãng nhìn xa …. Thấy bóng cô thôn nữ một mình thấp thoáng trong ngàn dâu xanh ngắt, Lý Thánh Tông lấy làm lạ, sai quân lính đòi cô đến trước xe hỏi chuyện. Thôn nữ bước tới xe vua, quì tâu :
- Thiếp là con nhà nghèo hèn, phải làm việc đầu tắt mặt tối, phụng dưỡng mẹ cha, không dám mong đi xem rước và nhìn mặt rồng.
Thấy cô gái xinh đẹp, ăn nói dịu dàng, ông vua hiếm con liền truyền đưa cô về kinh (Thăng Long).
Vua sai xây một cung riêng cho cô ở (tương truyền sau này là chùa Kim Cổ, nay là số nhà 73 - phố Ðường Thành - Hà Nội), đặt là cung Ỷ Lan và gọi cô là Ỷ Lan Cung phi. Cái tên Ỷ Lan (dựa gốc Lan) đặt ra để ghi lại sự tích nhà vua gặp người đẹp đứng tựa gốc cây ngày nào bên quê Bắc.
Ít lâu sau, Ỷ Lan sinh con trai (sau là Lý Nhân Tông). Lý Thánh Tông càng yêu quí nàng gấp bội. Nàng được tôn làm Ỷ Lan nguyên phi (đứng đầu các phi, sau hoàng hậu) ; con trai nàng được phong thái tử.
Năm 1069, Lý Thánh Tông cùng Lý Thường Kiệt cất quân đi đánh giặc ở phương xa. Ỷ Lan được thay vua cầm quyền trị nước. Sử cũ chép rằng : bà nguyên phi Ỷ Lan trị nước rất giỏi, khiến dân tâm hòa hiệp, cõi nước thanh bình. Dân gian sùng đạo Phật, tôn bà là “Quan Âm nữ” (Con gái đức Bồ Tát Quan Âm)
Lý Thánh Tông đánh giặc lâu ngày không thắng quay trở về. Ðến châu Cư Liên (Tiên Lữ, Hải Hưng), vua hỏi thăm nhân dân, thấy nhân dân hết lời ca ngợi tài trị nước của Ỷ Lan. Vua thở than : “Kẻ kia là đàn bà còn giỏi như vậy. Ta là đàn ông, lại tầm thường thế hay sao?” . Lại quay đi đánh giặc, và lần này thắng to.
Hai lần chống xâm lược Tống (1075-1077), vua Lý Nhân Tông còn bé (lên 10 tuổi). Lý Thường Kiệt điều binh khiển tướng ngoài chiến trường. Bà Ỷ Lan cùng thái phó Lý Ðạo Thành dốc sức lo việc triều đình, việc hậu phương.
Ỷ Lan rất hiểu nổi đau khổ của nông dân. Khi Lý Thánh Tông mất, con bà lên ngôi, bà đã làm được một số việc có ích cho dân. Ở nông thôn bấy giờ có nhiều phụ nữ vì nghèo mà phải bán mình (hoặc bị mẹ cha buộc lòng phải đem bán), đem thân thế nợ, không thể lấy chồng được, bà Ỷ Lan đã lấy tiền bạc trong kho nhà nước chuộc những người ấy và đứng ra dựng vợ gả chồng cho họ.
Ỷ Lan rất hiểu rằng đối với người dân cày “con trâu là đầu cơ nghiệp”. Cho nên bà đã nhiều lần nhắc nhở vua phạt tội nặng những kẻ ăn trộm trâu và giết trâu. Tháng hai năm Ðinh Dậu (1117), năm tháng trước khi bà mất, bà còn nhắc nhở vua một lần nữa : “Gần đây, người kinh thành và làng ấp có kẻ trốn đi chuyên nghề trộm trâu. Nông dân cùng quẫn. Mấy nhà phải cày chung một trâu. Trước đây, ta đã từng mách việc ấy và nhà nước đã ra lệnh cấm. Nhưng nay việc giết trâu lại có nhiều hơn trước”. Lời khuyên vua trên đây chứng tỏ tuy Ỷ Lan sống trong cung điện triều Lý, bà vẫn quan tâm theo dõi và lo lắng đến đời sống nông dân. Vâng lời mẹ, Lý Nhân Tông hạ lệnh lùng bắt và trừng trị bọn chuyên nghề ăn trộm trâu. Không những thế việc giết trâu ăn thịt những ngày giỗ đám cũng bị hạn chế. Chính quyền Lý qui định ở Thăng Long cũng như tại các địa phương trong cả nước cứ ba nhà lập một “bảo” kiểm soát lẫn nhau và cùng liên đới chịu trách nhiệm về tội lạm giết trâu bò.
Giỏi giang chính trị, chăm sóc kinh tế và đời sống nhân dân, Ỷ Lan còn học hỏi rộng, hiểu biết nhiều. Năm 1096, bà bày cỗ chay ở chùa Khai quốc (tức sau này là chùa Trấn Quốc ở Thăng Long), thết các sư. Tiệc xong bà ngồi kê cứu đạo Phật với các vị sư già học rộng. Bà hỏi về nguồn gốc đạo Phật trên thế giới và ở nước ta. Bà có óc phán đoán, đòi hỏi các sư “nói có sách, mách có chứng”. Chính nhờ câu chuyện giữa bà và các vị sư thời Lý mà đến nay ta còn biết gốc tích sự truyền đạo Phật vào nước ta.
Nhiều ngôi chùa tháp có qui mô to lớn bề thế với những dáng hình cấu trúc phong phú, bền vững, có bố cục đăng đối, có trang trí đẹp mắt đã được xây dựng lên trong “thời đại Ỷ Lan” này : chùa Giạm (Quế Võ, Hà Bắc) 1086, chùa Một mái ở động Hoàng Xá (Quốc Oai, Hà Tây)1099, chùa Phật Tích (Tiên Sơn, Hà Bắc) 1100, chùa Bảo Ân (Ðông Sơn, Thanh Hóa) 1100, tháp Chương Sơn (Ý Yên, Nam Hà) 1108, chùa Bà Tấm hay còn gọi là Linh nhân từ phúc, tức tên hiệu của Ỷ Lan (Gia Lâm, Hà Nội) 1105, vẫn hay đó căn bản là do công sức và tài khéo của nhân dân, song không khỏi có sự cổ vũ và việc giúp công giúp của của Ỷ Lan, của con bà là Lý Nhân Tông, của Lý Thường Kiệt. Sử chép rằng riêng Hoàng thái hậu Ỷ Lan đã xây dựng trước sau hơn 100 ngôi chùa mà chỉ có một số ít ỏi di tích như vừa kể trên là ngày nay vẫn thấy.
Mùa thu, tháng bảy, năm Ðinh Dậu (08-1117), Ỷ Lan qua đời. Thi hài của bà được hỏa táng theo tục lệ nhà Phật. Cho đến nay, dân gian xứ Bắc còn truyền tụng nhiều câu chuyện về Ỷ Lan mà người ta thường gọi là “Bà Tấm của xứ Bắc”